這詔下後，裕上表固辭。再加錄尚書事，裕又不受，且乞請歸藩。安帝不允，遣百僚敦勸，裕仍然固讓，入朝陳情，願就外鎮，乃改授裕都督荊、司、梁、益、寧、雍、涼七州，並前十六州諸軍事，仍守本官，裕始受命，還鎮丹徒。封劉毅為左將軍，何無忌為右將軍，分督豫州、揚州軍事，劉道規為輔國將軍，督淮北諸軍事。余如并州刺史魏詠之以下，皆加官進爵有差。
先是劉毅嘗為劉敬宣參軍，時人推毅為雄傑，敬宣道：“有非常的材具，必有非常的度量，此君外寬內忌，夸己輕人，設使一旦得志，亦恐以下陵上，自取危禍呢。”為後文劉裕殺毅張本。裕聞敬宣言，嘗引以為憾。及得授方鎮，遂使人白劉裕道：“敬宣未與義舉，授為郡守，已覺過優，擢置江州，更足令人駭惋，恐猛將勞臣，不免因此懈體呢。”裕遲遲不發。敬宣得知訊息，心不自安，乃表請解職，因召還為宣城內史。劉毅再與何無忌，分道出討桓玄餘黨，所有桓亮、符玄等小丑，一概誅滅，荊、湘、江、豫皆平。晉廷命毅都督淮南五郡，兼豫州刺史。何無忌都督江東五郡，兼會稽內史。毅自是益驕，免不得目空一切，有我無人了。小子有詩嘆道：
平矜釋躁始成才，器小何堪任重來！
古有一言須記取，謙能受益滿招災。
過了一年，追敘討逆功績，又有一番封賞，待小子下回說明。
桓玄一亂，而劉裕即乘九而起，是不啻為淵驅魚，為叢驅雀，玄死而裕貴，玄固非鸇即獺也。大抵梟桀之崛興，其始必有絕大之功業，足以聳動人心，能令朝野畏服，然後可以任所欲為，潛移國祚於無形。莽懿之徒，無不如是。裕為莽懿流亞，有玄以促成之，玄何其愚，裕何其智耶！至於安帝返駕，封賞功臣，裕為功首，而再三退讓，成功不居。周公恐懼流言日，王莽謙恭下士時，假使當年身便死，一生真偽有誰知？”我讀此詩，我更有以窺劉裕矣。