重型顱腦損傷後因肺實質多有淤血、水腫、吞咽、咳嗽反射減弱或消失致誤吸、氣道內分泌物不能排除，加上侵入性操作和機體免疫力下降等因素極易並發肺部感染是最常見的併發症，嚴重肺部感染可導致呼吸功能不全，誘發多器官功能衰竭。有效清理呼吸道是防治肺部感染的重點。
繼發性腦損傷是重型顱腦損傷術後的嚴重併發症，如處理不及時可危及生命或造成不可逆有腦損傷。早期發現並及時處理是防治的關鍵，除密切觀察意識、瞳孔變化，顱內壓監護是重要手段。顱內壓監測能持續準確地評估病人的臨床情況並提示預後，當顱內壓≥5.3kpa時，病死率顯著增加，當顱內壓≥8.0kpa且藥物難以控制時，死亡幾乎不可避免。
上消化道出血因顱腦損傷後交感-腎上腺系統活動增高，體內兒茶酚分泌增多，胃黏膜血管強烈收縮，導致胃黏膜損害，此外刺激迷走神經，引起胃酸、胃蛋白酶分泌增加，從而加重胃黏膜屏障的損害所致。早期預防性用藥可有效降低其發生率，發生後及時的止血治療及飲食護理也相當重要，可有效降低病死率。
重型顱腦損傷的患者，由於機體受到創傷等致病因素的強烈刺激，產生全身性的自我破壞性的炎症反應，從而導致多器官功能失常，通常從一個器官損害開始，逐漸累及多個器官，甚至發生多器官功能衰竭。mods預後差，且缺乏特效治療，因而有重點地採取預防、保護措施十分重要。應加強重要臟器功能的監護，加強藥物療效及不良反應的觀察，加強全身營養及代謝支持。