企業清算及歸還資本金的方式有兩種：一為產權轉讓方式，即將投資一方的投資，經清算後轉讓給另一方企業繼續經營；另一種是完全解散方式，就是將全部財產變賣，將淨收入分配給投資各方作為歸還資本金。
企業的清算可暫設“清算損益”賬戶進行核算，借方登記清算過程中為進行清算工作而發生的各項支出，包括清算機構的開支，聘請會計師、律師的費用，財產處理損失等，貸方登記清算收益，包括財產變現收益等，差額轉入“未分配利潤”，最後將未分配利潤按投資各方出資比例進行分配。
（一）產權轉讓的核算
產權轉讓可以以賬面淨值為依據，也可以以重估價值為依據。如果以重估價值為依據，在清算時應先調整財產價值，借記（或貸記）“存貨”、“固定資產”賬戶，貸記“累計折舊”賬戶，貸記（或借記）“清算損益”賬戶。下一步的工作是將“清算損益”轉入“未分配利潤”；將“未分配利潤”、“資本公積”、“盈餘公積”賬戶，按各方出資比例轉入“實收資本”賬戶；並將出讓方應收的資本由受讓方發還給出讓方。舉例說明如下：
［例］某聯營公司解散時的實收資本1 000 000元，其中甲、乙方各投資500 000元，資本公積50 000元，未分配利潤20 000元，經過清算發生清算損失淨額80 000元，清算後乙公司的股權轉讓給甲公司。
1．結轉清算損失。
借：未分配利潤80 000
貸：清算損益80 000
2．按出資比例將“資本公積”及“未分配利潤”轉入“實收資本”。
借：實收資本——甲方投資5 000
——乙方投資5 000
資本公積50 000
貸：未分配利潤60 000
3．由甲方將轉讓產權應得款項495 000元（500 000-5 000）支付給乙方，歸還剩餘資本金。
借：實收資本——乙方投資495 000
貸：銀行存款495 000
企業存款不足，可由甲方投入現金，增加新的資本。
（二）完全解散的核算
企業完全解散應收回各種應收款項，償付各項負債，變賣所有財產物資，最後將剩餘的現金按出資比例分配給所有投資人。舉例說明如下：
［例］某聯營公司解散時的實收資本1 000 000元，其中甲方、乙方各投資500 000元，資本公積50 000元，未分配利潤20 000元。經過清算和變賣全部剩餘資產淨損失200 000元（其中包括清算費用、財產溢缺、變賣損失等），清算後將剩餘資本歸還給投資雙方。
1．結轉清算損失。
借：未分配利潤200 000
貸：清算損益200 000
2．按出資比例將“資本公積”及“未分配利潤”轉入“實收資本”。
借：實收資本——甲方投資65 000
——乙方投資65 000
資本公積50 000
貸：未分配利潤180 000
3．歸還各方剩餘資本各435 000元（500 000-65 000）。
借：實收資本——甲方投資435 000
——乙方投資435 000
貸：銀行存款870 000
資本金轉讓或償還以後，清理工作即告結束。企業清算終了如果清算收益大於清算損失的部分，應依法繳納所得稅。股份有限公司應按優先股股份面值對優先股進行分配，分配後剩餘部分按普通股股東的持股比例進行分配。中外合作企業按契約中約定在合作期內一方先行收回投資的，必須按照法律規定或契約約定承擔企業的債務責任。在繳納所得稅前收回投資的，須報經主管財政機關審批。