由於會計人員承擔著處理各種利益關係的重要任務，在依法行使職權時往往會受到各方面的阻撓、干擾，有時甚至被打擊報復。為保護會計人員的合法權益，鼓勵會計人員堅持原則，依法做好本職工作，《會計法》對會計人員採取了特別的法律保護措施：
一是規定單位負責人為本單位會計行為的責任主體，使單位負責人的工作目標與會計人員的工作目標一致起來，可以大大緩解以往存在的單位負責人與會計人員之間的矛盾，從而為會計人員創造一個良好的工作環境。
二是規定單位負責人要保證會計人員依法履行職責，即“單位負責人應當保證會計機構、會計人員依法履行職責，不得授意、指使、強令會計機構、會計人員違法辦理會計事項。”保護會計人員的法定職權，是單位負責人的法定職責。
三是規定任何單位和個人不得對會計人員打擊報復。打擊報復堅持原則的會計人員是一種違法行為，要受到法律的制裁。
四是規定對做出顯著成績的會計人員進行表彰獎勵。《會計法》從會計人員工作的特殊性和我國會計工作的實際出發，既規定了對違法的會計人員進行處罰，也規定了對嚴於執法的會計人員進行表彰獎勵，這是從另一個側面強化對會計人員行使職權的保障。