審計科目主要的變動均發生在第二章。第二章第一節註冊會計師考試與註冊登記中，去掉了外國註冊會計師考試與註冊登記部分。第二章第二節註冊會計師業務範圍，不再區分本國和外國註冊會計師的業務範圍。第二章第三節中會計師事務所的組織形式部分，去掉了去年大綱中的獨資會計師事務所及有限責任合夥制會計師事務所兩種形式。本節還去掉了會計師事務所的設立與審批部分。原第二章第五節 註冊會計師行業的管理體制部分不再屬於新大綱考試範圍。
本年大綱增加了對審計科目考試的基本要求：要求考生能
1．確定審計責任和審計目標；
2．計畫審計工作；
3．掌握實施風險評估程式的基本原理；
4．熟悉審計循環的內控測試和實質性程式；
5．掌握審計抽樣和其他選取測試項目的方法；
6．形成審計意見和出具審計報告的基本原理；
7．掌握從事其他鑑證業務的基本原理。
本年大綱的主要參考法規為：1．中國註冊會計師職業道德基本準則；2．中國註冊會計師職業道德規範指導意見；3．中國註冊會計師執業準則；4．內部控制審核指導意見。2006年大綱所涉及的參考法規均為截至2005年12月31日財政部、中國註冊會計師協會發布並生效的執業準則、規則、指導意見等，大多數考生預測的2006年2月15日頒布的新審計準則並不屬於本大綱覆蓋範圍。