增值稅和土地增值稅都是對增值額進行課稅的稅種，但二者卻有很大的區別，主要表現在以下幾個方面：
一、納稅義務人、扣繳義務人不同
《中華人民共和國增值稅暫行條例》（以下簡稱《增值稅暫行條例》）規定，在中華人民共和國境內銷售貨物或者提供加工、修理修配勞務以及進口貨物的單位和個人，為增值稅的納稅義務人。為加強增值稅管理，稅收法規規定，按照納稅人的會計核算是否健全，是否能夠提供準確的稅務資料以及經營規模的大小，將增值稅納稅義務人劃分為一般納稅人和小規模納稅人。
《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第34條規定，境外的單位或個人在境內銷售應稅勞務而在境內未設有經營機構的，其應納稅款以代理人為扣繳義務人；沒有代理人的，以購買者為扣繳義務人。
《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》（以下簡稱《土地增值稅暫行條例》）規定，轉讓國有土地使用權、地上的建築及其附著物（以下簡稱轉讓房地產）並取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人。
與增值稅相比，土地增值稅沒有一般納稅人和小規模納稅人之分，也沒有法定的扣繳義務人。
二、徵稅範圍不同
增值稅徵稅範圍包括貨物的生產、批發、零售和進口4個環節。此外，加工和修理修配勞務也屬於增值稅的徵稅範圍。
土地增值稅的徵稅對象是有償轉讓房地產產權所取得的增值額。
三、稅率不同
《增值稅暫行條例》分項目規定了增值稅的3檔稅率：即17％的基本稅率、1 3％的低稅率和零稅率。絕大多數貨物和應稅勞務都適用基本稅率；13％的低稅率，主要是對糧食、食用植物油、自來水、冷氣、暖氣、熱水、煤氣、石油液化氣、天然氣、沼氣和居民用煤炭製品等人民生活必需品，對圖書、報紙、雜誌等人民的精神食糧以及飼料、化肥、農膜、農藥、農機等農業生產資料徵收（其中有些項目，如化肥、農膜、農藥、農機等，財政部、國家稅務總局另行制定了稅收優惠政策）；納稅人出口貨物，稅率為零（國務院另有規定的除外），體現了國家的傾斜政策。小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務的，增值稅按6％或4％的徵收率徵收（自1998年7月1日起，商業企業小規模納稅人的增值稅徵收率由6％調減為4％）。
《土地增值稅暫行條例》及其實施細則規定，土地增值稅按照增值額與扣除項目金額的比例大小，實行30％、40％、50％、60％的4級超率累進稅率。
四、扣除項目和計稅方法不同
增值稅的應納稅額是當期銷項稅額減去當期進項稅額的餘額，實行的是稅款抵扣制。同時規定了準予抵扣的進項稅額限於從銷售方取得的增值稅專用發票和從海關取得的完稅憑證上註明的增值稅額。購進免稅農產品準予抵扣的進項稅額，按照買價和規定的扣除率計算。下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
1.購進固定資產；
2.用於非應稅項目的購進貨物或者應稅勞務；
3.用於免稅項目的購進貨物或者應稅勞務；
4.用於集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務；
5.非正常損失的購進貨物；
6.非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務。