耕地占用稅由被占用耕地所在地鄉財政機關負責徵收。根據不同情況，可以採取不同的徵收方法。對國家和鄉鎮集體單位，可以由徵收機關給納稅人填開繳款書到指定國庫經收處繳納稅款；有條件的，也可以由納稅人根據納稅通知書所規定的稅額、時間，自己填開繳款書到國庫經收處繳納稅款。對農村居民，由鄉（鎮）財政機關徵收，也可以由鄉（鎮）政府組織村民委員會進行徵收。如委託土地管理部門或其他部門代征，可以從徵收費中付給一定的勞務費。代征勞務費，由各省、自治區、直轄市同有關 部門商定。徵收機關和代征單位徵收稅款，應當開給納稅人納稅收據，並將稅款按期及時解繳國庫經收處，未設國庫經收處的應就近存入信用社耕地占用稅存款專戶，不得保存現金。