一、外貿出口企業退（免）稅業務流程
（一）外貿出口企業出口退稅申報
出口企業出口業務發生並在財務上作銷售處理後，整理匯總有關的憑證資料後，首先按出口退稅電子化管理辦法要求，利用計算機錄入退稅憑證資料的有關信息，生成退稅申報數據和軟碟；其次，填寫和列印有關退稅表格；然後，按主管出口退稅稅務機關的要求將退稅憑證資料表格裝訂成冊退稅單證；最後向主管外貿出口企業出口退稅稽核的外經貿部門申請稽核。
（二）外貿出口企業出口退稅稽核
主管外貿出口企業出口退稅稽核的外經貿部門，受理外貿出口企業出口退稅稽核申請後，按出口退稅電子化管理辦法對其退稅單證和數據進行稽核；發生疑問需要調查的，應發函或派人調查；經稽核無誤的退各單證按內部管理許可權進行審批；證實有問題的退稅單證，按有關規定進行處理。
（三）外貿出口企業出口退稅審核（批）
主管外貿出口企業出口退稅的稅務機關收到已經稽核的退稅單證後，按出口退稅電子化要求和操作辦法，對出口退稅單證進行審核（批）。審核（批）中發生疑問需要調查的退稅單證，應發函或派人進行調查，證實有問題的，按有關規定處理。
對經按函調規定進行調查的退稅單證，凡經稅務機關調查一個生產環節仍查不清、需追溯以往的，應由出口企業負責調查舉證，然後報退稅機關覆核無誤後方可退稅。
舉證有誤和在本年度退稅清算期內不能舉證其出口真實有效的，不再辦理退稅（國稅發［1998］84號）。
稅務機關對齊全真實、且電子信息核對無誤的退稅單證，必須在20個工作日內辦完退稅審核、審批手續（國稅發［1998］84號）。
（四）外貿出口企業出口退稅退庫
主管外貿出口企業出口退稅的稅務機關對已審核（批）無誤的退稅單證，根據出口退稅電子化操作辦法，列印出“中華人民共和國稅收收入退還書”；加蓋有關印章後送達辦理出口退稅稅款退庫的國庫（銀行）。國庫（銀行）對收入退還書和有關退稅單證進行審核後，按照稅款所屬企業的開戶行及其賬號辦理退稅款的劃庫手續。
二、生產企業出口退稅的申請、審核（批）和退庫程式
（一）生產企業出口退稅的申報生產企業出口業務發生並在財務上作銷售處理後，按月收集、整理、填寫報和裝訂有關退稅資料憑證和退稅表格，形成生產企業出口退稅單證。
實行“先征後退”稅收管理辦法的生產企業，按增值稅（或消費稅）的納稅期限向主管徵稅的稅務機關辦理“先征後退”下的稅款申報和繳納手續；然後，按規定的期限持退稅單證向主管徵稅的稅務機關申報“先征後退”下的退稅審核。
實行“免抵退”稅收管理辦法的生產企業，按月持退稅單證向主管其徵稅的稅務機關申報辦理免、抵稅和應納稅額的審核手續。