科學研究企業主要需要繳納營業稅、企業所得稅、城市維護建設稅、教育費附加等：
（一）科研單位繳納營業稅主要涉及三個稅目即：服務業、文化體育業和轉讓無形資產。如：科研單位從事技術諮詢、技術；服務屬於服務業稅目；從事培訓活動、科技講座屬於文化體育業稅目；從事技術轉讓屬於轉讓無形資產稅目。
納稅人的營業額為納稅人提供應稅勞務向對方收取的全部價款和價外費用。
應納稅額=營業額×稅率
應納稅額以人民幣計算。納稅人以外匯結算營業額的，應當按外匯市場價格折合成人民幣計算。
（二）城市維護建設稅的計稅依據是納稅人實際繳納的營業稅稅額。稅率分別為7%、5%、1%.計算公式：應納稅額=營業稅稅額×稅率。不同地區的納稅人實行不同檔次的稅率。
（三）教育費附加的計稅依據是納稅人實際繳納營業稅的稅額，附加率為3%.計算公式：應交教育費附加額=應納營業稅稅額×費率。
（四）房產稅及城鎮土地使用稅
如果屬於企業或自收自支的事業單位，對其所有的房產、土地需繳納房產稅、城鎮土地使用稅。如果屬於財政撥款的事業單位，對其所有的非本身業務用房及土地（用於經營、出租等）需繳納房產稅、城鎮土地使用稅。如果單位屬於“外商投資企業或外國企業”應繳納城市房地產稅、外商投資企業土地使用費。
房產稅是按房產原值或租金收入向產權所有人徵收的一種稅。房產稅應納稅額的計算分為兩種：一是以房產原值為計稅依據；一種是以房產的租金為計稅依據。計算公式分別為：
年應納稅額=房產原值（評估值）*（1-扣除率）*1.2%
年應納稅額=房產租金收入*12%
城鎮土地使用稅是在城市、縣城、建制鎮和工礦區範圍內，對擁有土地使用權的單位和個人以實際占用的土地面積為計稅依據規定稅額徵收的一種稅。年應納稅額=∑（各級土地面積*相應稅額）。
城市房地產稅是對擁有房屋產權的外商投資企業、外國企業及外籍個人、港澳台胞，城市房地產稅依房產原值計稅，稅率分為兩種：按照房產原值計稅的，適用稅率為1.2%；按照房租收入計稅的，適用稅率為18%.
計算公式為：年應納稅額=計稅依據*適用稅率。
外商投資企業土地使用費是對使用土地的外商投資企業（出讓方式取得土地使用權者除外），按企業所處地理位置和偏遠程度、地段的繁華程度、基礎設施完善程度等，徵收的一項費用。依外商投資企業的實際占用土地面積以及所適用的土地使用費的單位標準確定，計算公式為：應納土地使用費額=占用土地面積*適用的單位標準。
（五）車船使用稅如果屬於自收自支的事業單位擁有汽車、腳踏車等機動車、非機動車交通工具，還需繳納相應的車船使用稅。
車船使用稅是對行駛於公共道路的車輛和航行於國內河流、湖泊或領海口岸的船舶，按照種類、噸位和規定的稅額徵收的一種財產行為稅。計算公式為：
乘人汽車應納稅額=應稅車輛數量*單位稅額
載貨汽車應納稅額=車輛的載重或淨噸位數量*單位稅額
機車應納稅額=應稅車輛數量*單位稅額
（六）印花稅是對在經濟活動和經濟交往中書立、領受印花稅暫行條例所列舉的各種憑證所徵收的一種兼有行為性質的憑證稅。分為從價計稅和從量計稅兩種。
應納稅額=計稅金額*稅率，
應納稅額=憑證數量*單位稅額。
（七）如果單位承受《中華人民共和國契稅暫行條例》規定免徵範圍外的房地產時，還需及時繳納契稅
契稅是對在中華人民共和國境內轉移土地、房屋權屬時向承受土地使用權、房屋所有權的單位和個人徵收的一種稅。