在對建築工程企業管理時，建築企業對工程項目進行個人項目承包管理，通過內部承包契約約定責任：一般都是由承包人（項目部）在經濟上自負盈虧，自行核算，公司自身不再組織施工，統一由項目經理負責，公司只按契約約定比例（或額度）向項目經理收取管理費，用於日常的監督管理開支，項目對外以公司名義施工，不再領取營業執照，並自行建賬核算該項目，不與公司賬務並賬並表、對外報送，項目工程款不再通過公司賬務，或即使通過，也是扣除稅款及管理費等劃撥給項目。這種形式的承包，該項目所應承擔的稅款的納稅人是誰？——營業稅的納稅人是否為承包個人？按承包經營的個人所得稅計算辦法要先計算繳納企業所得稅，那企業所得稅的納稅人是誰，是按各項目計算還是按整個企業合併賬務計算。企業所得稅虧損彌補是否允許，是按項目進行或是按整個企業合併進行計算。
根據對建築企業與項目部之間關係的描述，建築企業對工程項目實行個人項目承包管理，此項建築工程的營業稅應由建築企業代扣代繳。承包人（項目部）如果如問題中提到那樣，獨立計算盈虧；獨立建立賬簿，編制財務會計報表；在銀行開設結算賬戶，就具備了企業所得稅的納稅人條件，那么該項目部應辦理稅務登記，作為企業所得稅納稅人，在計算承包經營者（項目經理）的個人所得稅之前，項目部要先計繳企業所得稅。當然，允許進行虧損抵補，但只能在該項目內，不能併入整個建築企業合併計算。