合作建房，這裡是指由一方（以下簡稱甲方）提供土地使用權，另一方（以下簡稱乙方）提供資金，合作建房。合作建房的方式一般有兩種：
第一種方式是純粹的“以物易物”，即雙方以各自擁有的土地使用權和房屋所有權相互交換。具體的交換方式也有以下兩種：
1.土地使用權和房屋所有權相互交換，雙方都取得了部分房屋的所有權。在這一合作過程中，甲方以轉讓部分土地使用權為代價，換取部分房屋的所有權，發生了轉讓土地使用權的行為；乙方則以轉讓部分房屋的所有權為代價，換取部分土地的使用權，發生了銷售不動產的行為。所以合作建房的雙方都發生了營業稅的應稅行為。
因而甲方應按“轉讓無形資產”稅目中的“轉讓土地使用權”子目納稅；乙方應按“銷售不動產”稅目納稅。由於雙方沒有進行貨幣結算，因此應當按照《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第十五條規定的核定方法計算雙方各自的營業額。
如果合作建房的雙方（或任何一方）將分得的房屋銷售出去，則又發生了銷售不動產行為，應對其銷售收入再按“銷售不動產”稅目繳納營業稅。
2.以出租土地使用權為代價換取房屋所有權。例如，甲方將土地使用權出租給乙方若干年，乙方在該土地上投資建造建築物並使用，租賃期滿後，乙方將土地使用權連同所建的建築物歸還甲方。在這一經營過程中，乙方是以建築物為代價換得若干年的土地使用權，甲方是以出租土地使用權為代價換取建築物。甲方發生了出租土地使用權的行為，應按“服務業——租賃業”繳納營業稅；乙方發生了銷售不動產的行為，應按“銷售不動產”稅目繳納營業稅。雙方分別納稅時，其營業額應按《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第十五條規定的核定辦法計算。
第二種方式是甲方以土地使用權、乙方以貨幣資金合股，成立合營企業，合作建房。對此種形式的合作建房，則要視具體情況確定如何納稅：
1.房屋建成後，如果雙方採取風險共擔、利潤共享的分配方式，按照營業稅“以無形資產投資入股，參與接受投資方的利潤分配、共同承擔投資風險的行為，不征營業稅”的規定，甲方向合營企業提供的土地使用權，應視為投資入股，可不納營業稅；合營企業銷售房屋取得的收入應按銷售不動產徵稅雙方分得的利潤則不須繳納營業稅。
2.房屋建成後，甲方如果採取按銷售收入的一定比例提成的方式參與分配，或提取固定利潤，則不屬營業稅所稱的投資入股不征營業稅的行為，而屬於甲方將土地使用權轉讓給合營企業的行為，那么，甲方取得的固定利潤或從銷售收入按比例提取的收入按“轉讓無形資產”納稅；合營企業則按全部房屋的銷售收入依“銷售不動產”稅目繳納營業稅。
3.如果房屋建成後雙方按一定比例分配房屋，則此種經營行為，也未構成營業稅所稱的以無形資產投資入股，共同承擔風險的不征營業稅的行為。因此，首先，甲方向合營企業轉讓的土地，應按“轉讓無形資產”納稅，其營業額按營業稅實施細則第十五條規定的核定辦法計算。其次，合營企業的房屋，在分配給甲、乙方後，如果各自銷售，則再按“銷售不動產”納稅。