近年來，絕大多數企業在實施資產重組中往往忽視了內部審計的作用。內部審計作為企業自我約束機制的重要組成部分，它雖然不直接參與公司的經濟活動，也不決定企業資產重組的總體方向和進程，但可以通過各種方式和途徑影響企業資產重組活動，最終影響企業資產重組目標的實現。因此，企業在資產重組過程中應充分發揮內部審計的作用。
一、企業資產重組之前內部審計的作用
企業資產重組前，內部審計主要是為資產重組的正式實施做好各項準備工作，具體包括：
(一)開展有天調查工作。在進行資產重組之前，對有關各方進行深入細緻的調查是必要的。這種調查通常分三方面進行：(1)商業調查。即對有關各方的市場現狀和市場前景的調查。一般需藉助專業諮詢公司來完成。(2)法律事務調查。它涉及到被重組對象的一切可能涉及法律糾紛的方面，如正在進行的訴訟事項和潛在的法律隱患等。(3)財務方面的調查。主要是了解被重組對象的內部控制、或有事項、關聯交易、稅務和財務前景等，進而掌握被重組企業的資產、負債和損益的真實情況。綜合以上三方面的調查，形成較為全面的調查報告，為公司管理層制定資產重組方案提供有力依據。
(二)開展資產重組方案的可行性論證工作。主要是審查資產重組各方是否為財產所有權的現有主體，資產重組是否符合企業的發展戰略和國家的產業政策，是否會使本企業產生協同效應並帶來經濟效應或提高競爭力。既要防止有關部門違背企業意願強行組合，又要防止盲目進行資產重組。
(三)組織配合資產評估工作。企業的內審機構不具有資產評估資格，不能獨立承擔資產評估工作，但可以發揮熟悉本公司情況及相關知識的優勢，組織並配合資產評估機構開展工作，以提高資產評估的質量。
二、資產重組過程中內部審計的作用
(一)保障作用。為實現資產重組，企業會制定一系列的內部控制制度。在重組過程中，內審機構應檢查資產重組有關經辦部門對這些制度的執行情況，及時糾正偏離這些制度的行為。
(二)促進作用。企業制定的有關資產重組的制度，在具體執行過程中難免會發生與實際經濟活動不盡相同的情況，同時也會不斷出現新情況和新問題，需要企業及時掌握，採取相應對策，這就要求內審機構通過審計監督，發現帶有普遍性和全局性的問題，對其深入研究和分析，有針對性地向企業管理層提出意見和建議，使企業及時採取有效措施加以解決。
三、資產重組之後內部審計的作用
資產重組之後內部審計的作用主要體現為評價資產重組後的效益。重點包括以下兩方面：
(一)審查企業資產重組後帳務處理的合規合法性。注意維護資產重組各方的合法權益，保證企業資產的安全、完整和增值。檢查是否有為促成資產重組而進行的弄虛作假行為。
(二)對比分析資產重組前後各方的變化，對資產重組的成效進行評價。主要包括：
l、對被重組企業的評價。作為資產重組的優勢企業又是投資方，有必要對投資的經濟效益進行評價，一方面是評估資產重組後已實現的資本經濟效益，另一方面是評估企業預期能否創造出超過按權益經濟價值或市場價值計算的機會成本的收益，是否使股東獲得增值收益。
2、對資產重組後集團效益的評價。資產重組可能對相關各方在稅收和企業價值等方面產生瞬時效應，但成功與否，很大程度上體現了資產重組後企業集團是否達到預期的整體協同效應，與同行業平均水平及與集團歷史業績相比是否達到：(1)財務的協同效應，如資本成本的節約、資本結構的合理改善、交易成本的降低及現金流動的高效等；（2）經營上的協同效應，如合理的經濟規模、最佳化企業組合和加強專業化協作等。對資產重組後企業集團的協同效應主要站在總公司的角度對資產重組的預期目標和初始動機的實現程度進行評價，是對企業資產重組戰略的一種總體效果的評估，其目的是搞清楚是什麼因素導致了重組的成功(或失敗)。其評價範圍既包括財務效益也包括非財務效益，既包括眼前效益也包括未來的效益。