藥品價格扭曲的成因首先在於供求關係，而主要原因在於多年來存在的“醫藥合辦”體制賦予醫院以特定的雙重角色，既行醫，又售藥；“醫藥倒置”的醫療機構補償機制為醫院“以藥養醫”提供了內在激勵。因此，必須理順藥品價格的形成和調整體系，這不僅對降低虛高價格、控制醫藥費用不合理增長意義重大，而且對整體推進醫療衛生體制改革也十分重要。
1崩硭澈偷髡醫療機構補償機制，加快醫藥分家。首先，調整目前醫療服務機構過度依賴藥品價格加成的補償機制，適當提高醫療服務價格，以體現醫療勞務活動中的知識技術和勞動價值。抑制醫院只靠財政撥款、提高醫療收費價格，多檢查、多開藥、多收費以求發展的弊端，著眼於擴大醫療服務範圍，滿足民眾多方面的健康需求；解決技術勞務收費偏低的問題，逐步改革醫療價格體系，分層次、分等級定價，對不同的醫療機構，根據其服務內容和服務質量拉開檔次，放開部分特殊醫療服務價格，充分調動醫院自我發展的積極性。當然，醫療服務價格體系的調整必須充分考慮各方面的承受能力，要在嚴格控制物價總水平的條件下進行。其次，進行醫藥分家，把醫院的門診藥房改為藥品零售企業，自主經營、依法納稅，徹底切斷醫療機構、醫生和藥廠、藥商之間的直接經濟利益聯繫。可以採取過渡性的步驟逐步實現。第一步，進行藥品收支兩條線管理，逐步弱化藥品收益對醫院的補償作用；第二步，實行門診藥房獨立核算，強化經營意識；第三步，實行門診藥房託管經營，將醫院門診藥房委託給有藥品經營資格和經營經驗的單位全權管理和經營醫院門診藥房；第四步，將藥房剝離出醫院，成立為獨立的企業法人，改為藥品零售企業。
2苯立和完善藥品集中招標採購制度。現行的藥品集中招標採購制度中的招標主體是受政府委託的中介代理機構，而不是自主經營、自負盈虧的獨立經濟實體，缺乏內在的激勵和約束機制。因此，必須使藥品集中招標方的行為真正市場化，體現出其公開、公平、公正的市場契約的特徵。首先，由經國家批准資格認證若干個藥品銷售公司(數量適中，切忌過多過濫，美國也只有8家)，作為獨立經濟實體，自主經營、自負盈虧的企業，向製藥廠家公開招標、競價採購藥品，銷售藥品，並可跨地區連鎖經營，向國家繳納稅金。其次，加強藥品監督機構對藥品集中招標採購的監督管理，確保藥品招標制度的有效施行。
3苯立新型的醫藥市場運行模式。可以借鑑荷蘭、日本等發達工業化國家的經驗，建立新型醫藥市場運行模式。在該市場上，患者向醫療保險機構投保醫療保險，並支付保險費；患者去醫院就診，醫生根據患者病情開出處方，患者持處方去經國家批准資格認證的藥品銷售公司或其連鎖藥店購藥；醫院、藥品銷售公司分別將各自的醫療單據交付醫療保險機構，醫療保險機構作為第三方付費人對各醫療單據的內容進行核實後，通過銀行向醫院和藥品銷售公司付款；醫療保險機構以該地區上一年度的醫藥支付狀況為參考基數，對各個醫院和藥品銷售公司進行財務預算，總量控制。藥品銷售公司作為獨立經營企業，公開招標、競價採購藥品並向製藥廠支付藥款，在藥品質量上向患者負責，並向國家繳納稅金。製藥廠作為自主經營的企業生產優質藥品，向藥品銷售公司投標銷售藥品，獲取利潤。政府有關機構應該轉換職能，退出目前市場直接參與者的身份，做好調控和監督者的角色，制定法規體系和巨觀醫療調控政策，監督各市場參與主體的行為，並提供適當財政補貼。
這種新型的醫藥市場運行模式有助於建立藥品完全競爭的市場機制，能夠避免醫藥價格的扭曲。其優點在於：(1)藥品完全競爭市場是一個沒有任何外在力量干預和控制的市場。既沒有國家政府的干預，也沒有藥品產供銷串謀的集體行動對市場機製作用的阻撓。(2)競爭有助於提高質量、降低成本，對製藥行業進行優勝劣汰，有利於調整醫藥產業結構，使醫藥資源得以充分利用。(3)藥品銷售公司通過公開、競價、批量的方式採購藥品，充分體現藥品市場的公平競爭原則，自主經營，自負盈虧，照章納稅。同時，患者、醫院、醫療保險機構對藥品銷售公司形成多元化制約機制。(4)有助於建立新型的供給與需求的均衡關係，提高患者的滿意度。藥品銷售與醫院效益脫鉤，消除了醫院在臨床用藥方面的利益驅動，防範醫生在醫療行為中的不正之風，使醫院與患者之間建立一種新型的供給與需求的均衡關係。