在實際工作中，會計制度和稅法對股權投資核算的差異較大。為了簡化差異處理工作，便於企業依法納稅和審計人員審計，筆者建議設定專欄式明細賬
由於會計制度與稅法在目的等方面的不同，兩者在股權投資方面存在諸多差異，其差異主要體現在投資成本與投資收益方面。其主要差異具體有以下幾方面：
1.初始投資成本差異。
會計制度和稅法關於長期股權投資初始成本的確定在一般情況下是相同的，只有企業以債務重組方式和非貨幣性交易取得的投資有差異。
2.計提長期投資減值準備差異。
稅法不確認長期投資減值準備。
3.股權投資差額差異。
稅法不確認股權投資差額。
4.投資收益和投資損失的分類差異。
會計制度對企業的投資收益和投資損失不進行分類，分別在“投資收益”賬戶的貸方和借方反映。
而稅法將股權投資收益嚴格區分為股權投資持有收益和處置收益，股權投資持有收益是指股權投資期間的股利性所得；股權投資處置收益是指股權投資出售或轉讓等的所得（處置收入與計稅投資成本的差額），這兩種收益的稅收待遇不一樣。按現行稅法規定，投資企業（內資企業）只對非因享受定期減免稅優惠而從低稅率地區分回的股利性所得，補交差別稅率部分的企業所得稅。其目的避免重複徵稅。企業處置股權性投資的轉讓所得，θ額併入企業應納稅所得額?br>
將企業的股權投資在持有過程中因被投資企業發生虧損而“按權益法確認的投資損失”和“處置投資發生的損失”嚴格區分，這兩種損失的稅收待遇也不一樣。被投資企業發生的經營虧損，由被投資企業按規定結轉彌補；投資方企業不得調整減低其投資成本，也不得確認投資損失。企業因收回、轉讓或清算處置股權投資而發生的股權投資損失，可以在稅前扣除，但每一納稅年度扣除的股權投資損失，不得超過當年實現的股權收益和投資轉讓所得，超過部分可無限期向以後納稅年度結轉扣除。
5.投資收益確認的時間、金額差異。
會計制度規定，企業應在每個會計年度末，按應該享有的或應分擔的被投資企業當年實現的淨利潤或發生的淨虧損的份額，確認投資收益或投資損失，並相應調整投資賬面價值，而被投資企業宣告發放現金股利時，沖減投資賬面價值。而稅法規定，不論企業會計賬務中對投資採取何種方法核算，被投資企業會計賬務上實際做利潤分配處理（包括以盈餘公積和未分配利潤轉增資本）時，投資方企業應確認投資所得的實現。
6.股票股利處理差異。
會計制度規定，投資企業持有期間取得的股票股利不作賬務處理，只做備查登記；而稅法規定，按股票面值作為股利性所得處理，並按股票面值增加計稅投資成本。
7.投資轉讓成本與轉讓所得的確定有差異。
由於會計處理與稅法在上述事項上存在差異，則導致投資轉讓成本與轉讓所得的確定有差異。
由上可見，會計制度和稅法關於權益法核算方法下的長期股權投資方面的差異多而複雜；在沒有建立稅收會計和採取其他有效措施的前提下，在納稅申報時處理差異工作呈現複雜化。