解決頻繁換所逃避監管問題
深圳市人大計畫預算委員會指出，之所以對註冊會計師條例進行修訂，是出於三方面原因：
一是《條例》中對特區內會計師事務所的審批條件和程式都嚴於國家法律法規的規定，不僅與《行政許可法》衝突，而且導致大量註冊會計師紛紛到特區外成立事務所，逃避監管，對整個行業的發展產生了不利影響；二是現行法律和《條例》對行業監管面臨的新問題缺乏有效的法律支持。我市現有會計師事務所235家，在事務所數量增加的同時，也給行業管理和行業自律帶來新的課題。比如，經註冊會計師審計、分別報送給稅務、金融和工商等部門的財務資料存在不同版本的現象；部分註冊會計師逃避監管和處罰，頻繁換所；受處罰的事務所頻繁更換名稱和辦公場所；造假成本低導致部分註冊會計師不講誠信，弄虛作假等；三是依據新修訂的《合夥企業法》對《條例》作出修改。
特區外注會也要接受注協管理
條例最大的修改內容，就是借鑑國際慣例特別是香港會計師公會的做法，加強對註冊會計師行業的註冊監管，實行分類管理制度，即“執業註冊和會員註冊管理制度”。每年會計師事務所要定期向財政局報送基本情況和有關材料，財政局在審核後定期換髮新的執業許可證。市注協實行屬地會員註冊管理，凡在我市行政區域內的執業註冊會計師和非執業註冊會計師（包括寶安、龍崗）都應當註冊成為會員，接受市注協行業管理。這樣既避免了“一市兩法”帶來的法律監管上的漏洞，有利於進一步理順行政管理與行業自律管理的職責與許可權，在監管體制上屬於先行先試。
增加有限責任合夥規定
另一項較大的修改是，增加了有限責任合夥的規定。有限責任合夥是普通合夥的一種特殊形式，即合伙人對企業形成的債務中屬於本人職責範圍內且由本人過錯導致的才承擔無限責任或無限連帶責任，對其他合伙人職責範圍或過錯所導致的債務不負連帶責任。
由於註冊會計師行業的特殊性，在國外已開發國家和地區，有限責任合夥已經成為事務所的一種主要組織形式。世界四大會計師事務所都是採取有限責任合夥形式。這種制度，有利於會計師事務所做大做強，同時也較好地控制了執業風險。《修訂草案》要求，現有的有限責任會計師事務所應當在2008年7月1日前改制為合夥制。為降低註冊會計師的執業風險，還規定了事務所應當建立執業風險基金或者辦理職業保險。
5年經驗即可在特區內辦所
根據《行政許可法》的規定，《修訂草案》對會計師事務所的設立條件進行了修改，將原來要求註冊會計師有8年（個人事務所10年）執業經驗統一降低為5年，以降低進入門檻，引導合資格的註冊會計師在特區內設立事務所。
條例還著重通過一系列措施，加大對註冊會計師逃避監管的控制和處罰，大大提高其違法、違規成本。比如，針對註冊會計師頻繁換所、事務所頻繁變更名稱、變更辦公地點等問題，《修訂草案》增加規定註冊會計師在成為會計師事務所的合伙人或者設立人之前，應當在註冊會計師協會辦理完從原會計師事務所轉出的手續；事務所不得使用與已註冊的會計師事務所相同或相似的名稱；事務所變更名稱、辦公場所、主任會計師等，應當自作出決議之日起20日內向市財政部門備案，未經備案的，不得辦理工商稅務登記變更手續；正在接受相關部門調查的會計師事務所，市財政部門不得受理其變更申請。