20%企業尚未執行新制度
從檢查和調研情況來看，《小企業會計制度》所規定的會計原則、會計處理符合與國際會計慣例趨同的原則要求，有利於進一步促進小企業規範會計行為，提高小企業會計人員素質、會計信息質量、企業經營管理和對外開放水平。
從浙江省實際執行來看，大多數小企業能按新制度的要求進行會計核算，但也不少問題，主要表現在：20%左右的企業尚未開始執行新制度，仍按原行業會計制度執行；在執行新制度前普遍存在未全面進行財產清查；沒有準確執行新制度；存在制度交叉執行現象。
實施動力不足
缺乏外部壓力和新制度的不夠完善之處是造成小企業執行新制度不夠到位的主要原因。
缺乏外部壓力，從小企業會計報表外部使用者角度來看，主要是主管稅務機關和銀行部門。
就稅務部門而言，對一些小企業實行了“定額徵稅”或“核定徵稅”辦法，對企業會計工作的要求不高。且一些地方稅務部門在企業電腦申報納稅環節上至今仍採用原行業會計制度的報表格式，稅務人員在執法時對新制度的落實與否也關注不足；就銀行部門而言，關注的是資產負債率和小企業經營利潤等方面指標，不關注企業執行的是什麼會計制度。從小企業外部會計監督角度來看，由於小企業基本上為民營企業，沒有直接聯繫牽頭的主管部門，其會計制度的執行、會計核算的規範，只能由財政部門會計管理機構一家來承擔。而各地財政部門的會計管理人員要負責全國會計專業技術資格、註冊會計師、從業資格等各種考試，以及本轄區的會計人員、註冊會計師行業等的日常管理，工作任務十分繁重，沒有更多的精力放在會計監督和業務指導上。而且現行法規也沒有要求小企業的財務會計報告必須經過註冊會計師審計，這樣小企業執行新制度就缺乏外在壓力。
制度本身有待完善之處
表現在：一是在制度的適用範圍上出現斷層，由此產生制度上的灰色地帶。國家經濟貿易委員會、財政部、國家統計局等四部門於2003年2月制定發布的《中小企業標準暫行規定》（國經貿中小企[2003]143號），對中小企業的劃分未能涵蓋整個國民經濟行業，尚存在未涉及的灰色地帶，如較大部分的服務行業基本上未有涉及。這些沒有界定標準的行業以及個人獨資、合夥形式設立的小企業勢必沒有可選用的會計制度，或者說是沒有制度以供執行。
二是部分會計政策不夠明晰，企業較難把握與執行。如在會計核算辦法方面，小企業會計制度規定的內容，主要是考慮工商業企業的會計核算，其他行業如房地產、服務業等行業則很少涉及。
三是部分會計業務處理方法欠妥，脫離企業實際，造成會計信息不實。如發生財產損溢情況，小企業不可能在發生溢缺時即能處理完畢，也必須履行相關批准、審核程式，暫掛“待處理財產損益”科目也是必然的。
建議
全面貫徹實施《小企業會計制度》是一項重要的系統工程，進一步推進《小企業會計制度》貫徹實施，建議採取對策如下：
首先是加強對企業負責人的培訓和教育，提高他們對會計工作的認識。我國會計法規定，企業負責人是單位會計工作的第一責任人，是單位會計工作責任的主體，單位負責人對執行新制度起著至關重要的作用。當前有一些企業負責人對小企業會計制度認識不夠，各地財政部門應通過多種形式、多種途徑，如舉辦培訓班、專題講座、研討會以及發放宣傳資料等，向他們宣傳小企業會計制度對規範企業會計核算行為，強化單位內部管理，提高會計信息質量的重要性。同時也要使他們認識到實施新制度是我國會計核算制度的重大改革，是一項必須執行的國家統一的會計制度，企業負責人應將其作為自己的法定職責。
其次，要加強會計人員繼續教育管理工作，努力提升會計人員的業務水平。從調查中得知，會計人員了解有關會計制度的主要途徑是通過會計人員繼續教育，因此切實抓好繼續教育工作十分重要。要從教育內容安排、師資隊伍建設、教學質量管理等方面著手，建立有效的培訓機制。通過有效的培訓，使小企業會計人員掌握新制度和內部控制制度等相關知識，提高會計人員綜合素質和職業判斷能力。同時要讓會計人員清楚，在實際工作中，還需結合企業自身的特點，建立健全內部核算辦法、內部控制制度和內部報告制度，以保證小企業會計制度真正貫徹實施到位。
第三，加強對小企業執行新制度的監督檢查力度，切實保證小企業會計制度有效實施。財政部門應與稅務部門聯合，共同制定製度實施方案，督促企業實施小企業會計制度。財政部門要加強會計管理幹部隊伍建設，加大對小企業的執法檢查力度，財政部門會計管理幹部要做好對小企業完善會計核算和內部會計控制制度等方面的業務指導工作。稅務部門在具體實施過程中應嚴格按小企業會計制度規定要求企業提供會計信息，督促小企業依法建賬，同時對電子申報的會計報表儘快統一使用小企業會計制度所要求的會計報表格式。
最後，建議對小企業會計制度加以完善，以適用和規範各類小企業及其各類經濟業務的會計核算。適用範圍上應包括個人獨資及合夥形式設立的小企業，這需在制度中對該類企業的特殊業務會計核算作出規定；對一些行業如房地產業、it行業的特殊業務的會計核算以及小企業清算解散的會計處理作出規定；對小企業會計制度中所規定的部分會計業務處理方法欠缺之處加以修改。