(一) 保留時間變化
1.柱溫變化：柱恆溫；
2.等度與梯度間未能充分平衡：至少用10倍柱體積的流動相平衡柱
3.緩衝液容量不夠：用>25mmol/l的緩衝液
4.柱污染：每天沖洗柱
5.柱內條件變化：穩定進樣條件,調節流動相
6.柱快達到壽命：採用保護柱
(二)保留時間縮短
1.流速增加：檢查泵,重新設定流速
2.樣品超載：降低樣品量
3.鍵合相流失：流動相ph值保持在3~7.5檢查柱的方向
4.流動相組成變化：防止流動相蒸發或沉澱
5.溫度增加：柱恆溫
(三)保留時間延長
1.流速下降：管路泄漏,更換泵密封圈,排除泵內氣泡
2.矽膠柱上活性點變化：用流動相改性劑,如加三乙胺,或採用鹼至鈍化柱
3.鍵合相流失：同前(二)3
4.流動相組成變化：同前(二)4
5.溫度降低：同前(二)5
(四) 出現肩峰或分叉
1.樣品體積過大：用流動相配樣,總的樣品體積小於第一峰的15%
2.樣品溶劑過強：採用較弱的樣品溶劑
3.柱塌陷或形成短路通道：更換色譜柱,採用較弱腐蝕性條件
4.柱內燒結不鏽鋼失效：更換燒結不鏽鋼,加線上過濾器,過濾樣品
5.進樣器損壞：更換進樣器轉子
(五)鬼峰
1.進樣閥殘餘峰：每次用後用強溶劑清洗閥,改進閥和樣品的清洗
2.樣品中未知物：處理樣品
3.柱未平衡：重新平衡柱,用流動相作樣品溶劑 (尤其是離子對色譜)
4.三氟乙酸(tfa)氧化(肽譜)：每天新配,用抗氧化劑
5.水污染(反相)：通過變化平衡時間檢查水質量，用hplc級的水
(六) 基線噪聲
1.氣泡(尖銳峰)：流動相脫氣,加柱後背壓
2.污染(隨機噪聲)：清洗柱,淨化樣品,用hplc級試劑
3.檢測器燈連續噪聲：更換氘燈
4.電干擾(偶然噪聲)：採用穩壓電源,檢查干擾的來源(如水浴等)
5.檢測器中有氣泡：流動相脫氣,加柱後背壓
(七)峰拖尾
1.柱超載：降低樣品量,增加柱直徑採用較高容量的固定相
2.峰干擾：清潔樣品,調整流動相
3.矽羥基作用：加三乙胺,用鹼致鈍化柱增加緩衝液或鹽的濃度降低流動相ph值,鈍化樣品
4.同前(四)4：同前(四)4
5.同前(四)3：同前(四)3
6.死體積或柱外體積過大：連線點降至最低,對所有連線點作合適調整,儘可能採用細內徑的連線管
7.柱效下降：用較低腐蝕條件,更換柱,採用保護柱
(八)峰展寬
1.進樣體積過大：同(四)1
2.在進樣閥中造成峰擴展：進樣前後排出氣泡以降低擴散
3.數據系統採樣速率太慢：設定速率應是每峰大於10點
4.檢測器時間常數過大：設定時間常數為感興趣第一峰半寬的10%
5.流動相粘度過高：增加柱溫,採用低粘度流動相
6.檢測池體積過大：用小體積池,卸下熱交換器
7.保留時間過長：等度洗脫時增加溶劑含量也可用梯度洗脫
8.柱外體積過大：將連線管徑和連線管長度降至最小
9.樣品過載：進小濃度小體積樣品