要控制小規模企業的審計風險，要從企業的審計環境、審計規範和審計風險等方面進行治理
小規模企業審計規範應當把風險審計的觀念貫穿在每項條款中
小規模企業審計規範應當明確規範註冊會計師根據委託人的真正委託目的
針對小規模企業審計中存在的種種問題，單從審計技術和方法上研究是難於解決問題，需要系統治理小規模企業審計的環境、系統完善小規模企業審計的規範、系統研究小規模企業審計風險。
治理方法之一：
系統治理小規模
企業審計環境
（1）強化會計信息的外部監管。首先，對會計信息實施監管的職能部門應當樹立依法監管的理念，增強監管的科學性，減少隨意性。其次，治理多頭監管，相互制肘的監管局面，降低監管成本。第三，強化會計監管責任。監管部門對於會計信息質量也應承擔起相應的責任，嚴格懲戒監管不力、行政不為給會計監管市場帶來的混亂。
（2）合理運用審計報告。由於各級政府的職能部門在履行其行政職能時往往需要企業提供審計報告，如工商管理部門、外匯管理部門、稅務部門、財政部門、國資部門等，這本是拉動小規模企業審計需求的一件好事，但由於有些職能部門只是利用審計報告當作轉嫁風險的工具；有些職能部門給註冊會計師提出超出其職責的過分要求；有些職能部門把行政監管的職責強加給註冊會計師等等，這使得審計報告的作用要么被不適當地抬高，要么被貶低，不能真正發揮其正確的職能。因此，註冊會計師行業應當與各級政府及其職能部門及時溝通，在各級政府及其職能部門相關規章制度和改革措施出台以前，參與其中表明註冊會計師能夠起什麼作用、出具什麼報告，承擔什麼責任，從而使各級政府的職能部門了解如何正確利用註冊會計師的審計報告更好為市場經濟服務，為改革開放服務。
（3）規範會計主體的會計行為。小規模企業不規範的會計行為主要表現在：大額提現和現金交易多；會計處理缺乏合法有效的原始憑證；設定多套賬，隱藏資產或收益；缺乏內部控制，導致個人挪用、占用資金等員工舞弊現象嚴重；不規範的企業經營運作，致使真實的現金流入和流出難以進行會計處理。這些不規範的會計行為造成了會計信息的混亂和扭曲，必須建立起嚴厲的法律約束、嚴格的行政監管，才能予以糾正。
治理方法之二：
系統完善小規模
企業審計規範
小規模企業審計規範的完善應當重點解決如下幾對關係：
（1）詳細審計與風險審計的關係。由於小規模企業內部控制不存在或存在缺陷，註冊會計師不會信賴被審計單位的內部控制，實施以詳細測試為主的審計程式，這似乎與風險審計（集中有限的審計時間和力量到重點風險領域，減少非風險領域的審計成本）理念相悖，事實上，小規模企業的審計雖然以詳細審計為主，仍然需要結合風險審計的技術和方法，在客觀評價內部控制不存在或存在缺陷帶來的風險的基礎上，決定是否需要追加詳細審計程式或減少不必要的詳細測試，以實現合理的成本下控制審計風險的目的。這樣，註冊會計師才能針對小規模企業內部控制不存在或存在缺陷所引發的問題，運用風險審計的技術和方法，合理實施詳細測試（既不存在審計過度，也不存在審計不足）。因此，小規模企業審計規範應當把風險審計的觀念貫穿在每一條款中。
（2）小規模企業年度會計報表審計時間有限與存在問題多的關係。如果被審計單位的經濟活動及其會計活動存在的問題多，註冊會計師需要更多的審計時間才能保證審計質量，但對於小規模企業來講，這兩者存在矛盾。因此，小規模企業審計規範應當詳細列示出來小規模企業的各種問題及其評價問題後的對應程式，供註冊會計師參考，提高註冊會計師的專業判斷能力，以節省審計時間。
（3）小規模企業審計目的多樣性與簡式審計報告的關係。簡式審計報告是為了方便公眾閱讀及其會計信息的可比性而做出的強制要求，如果小規模企業審計目的多樣化，強制要求簡式審計報告格式既沒有必要，也不可能滿足使用者的真正需要。因此，小規模企業審計規範應當明確規範註冊會計師應當根據委託人的真正委託目的，以及被審計單位的具體情況，專業判斷審計報告的格式（可以是長式審計報告，也可以是委託方與註冊會計師協商的格式；可以有意見類型，也可以沒有意見類型），審計報告的名稱也可以稱為“關於＊＊的審計（審核）報告”、“專項審核報告”等等，但必須與相關職能部門和委託方協商與溝通，取得他們認可。同時，註冊會計師應當對其出具的報告承擔相應的鑑證責任。值得注意的是，如果小規模企業的審計委託就是單一目的，即對會計報表合法性、公允性發表審計意見，註冊會計師只能按照《獨立審計具體準則第7號———審計報告（修訂）》的要求出具統一的簡式審計報告。