第一條 為加強中國科學院內部審計工作，根據 《中華人民共和國審計法》和《審計署關於內部審計工作的規定》並結合中國科學院實際，制定本條例。
第二條 內部審計是國家審計體系的重要組成部分。中國科學院內部審計工作是在本單位負責人領導下，依據國家的方針政策和財經法規以及中國科學院和地方政府制定的有關規章制度，依法獨立對本單位及下屬單位的會計帳目及相關資產進行檢查，對財務收支真實、合法、效益實行內部監督的行為。以維護科研及開發工作的經濟秩序和單位的合法權益，加強經營管理，提高經濟效益，促進科技體制改革。
第二章 審計機構 來源：
第三條 中國科學院監察審計局，負責全院內部審計工作的巨觀管理、綜合協調、規劃制定、考核評價及審計工作質量的檢查與監督。
第四條 監察審計局工作職責：
（一）起草內部審計規章，制定內部審計準則、制度，制定內部審計工作規範、指南；
（二）負責院屬事業單位（包括分院、研究所、中心、台、站及其他事業單位）正職領導幹部任期經濟責任審計工作；
（三）負責對院屬單位執行財經法紀和經濟效益的情況實施審計監督；
（四）負責重大事項的審計調查；
（五）指導、監督、評價、檢查院屬單位內部審計工作；
（六）組織內部審計理論研究，培訓內審人員；
（七）研究、開展專項審計工作；
（八）組織實施院領導授權批准的其他審計事項。
第五條 監察審計局根據工作需要，可在院屬單位聘請特邀審計員。
第六條 院屬單位應積極開展內部審計工作。設定內部審計機構，配備審計人 員，在本單位領導授權的範圍內開展審計工作。分院審計機構、研究所（台、站）、公司（企業）審計機構及審計人員，受本單位領導並接受監察審計局的指導與監督，接受並完成上級部門交辦的審計事項。分院審計機構，負責本地區院屬單位的內部審計工作；研究所（台、站）、公司（企業）審計機構和審計人員負責本單位及其下屬單位的內部審計工作，協助並配合上級審計部門工作。
第七條 為保證審計工作的正常開展，各單位在審計經費上應予以保障。
第三章 內部審計監督的主要任務和職權
第八條 內部審計監督的主要任務是：
（一）維護國有資產的完整和安全；
（二）維護本單位合法權益；
（三）監督單位內部控制制度的建立、健全和執行；
（四）監督各項資金使用的合規與合法；
（五）監督帳冊、報表、憑證所反映的資產、負債、所有者權益（淨資產）及財務收支（或損益）等事項真實、正確、合法；
（六）監督評價經濟效益與效果；
（七）監督國家財經法紀和院所制度的執行；
（八）監督與財務收支有關的經濟活動；
（九）完成本單位負責人交辦和上級審計部門交辦的審計事項。以上任務完成情況，應向本單位領導報告，必要時，應向上級審計部門報告。
第九條 內部審計機構和人員的職權是：
（一）檢查、查閱被審計單位的帳目、資財和有關資料；
（二）對審計發現的問題進行調查，並向有關部門、單位和個人索取證明材料；
（三）制止、糾正違反財經法紀事項和提出改進管理、提高效益的意見和建議；
（四）對違反財經法紀、嚴重損失浪費行為提出批評，對情節嚴重者建議給予必要行政處分，對觸犯刑律的建議法務部門依法懲處；
（五）對阻撓、拒絕和破壞審計工作的，必要時報經領導批准，可採取封存帳冊和資財等臨時措施，並提出追究有關人員責任的建議；
（六）支持和協助單位的財務部門按照《會計法》和國家有關規定履行職責；
（七）閱讀有關檔案，參加有關會議；
（八）內部審計工作，在本單位主要負責人的直接領導下，依法行使審計職權，受法律保護。任何單位和個人不得於涉或打擊報復。
部門和單位可以在管理許可權範圍內，授予內部審計機構經濟處理許可權。