鑑定動物類中藥，要具有動物學的分類和解剖的基礎知識。其方法與植物藥一樣，對於藥材是完整的動物體，可根據其形態特徵，進行動物分類學鑑定，確定其品種，如蜈蚣、土鱉蟲、金錢白花蛇等；對於藥材是動物體的某一部分，如羚羊角、龜甲、骨類（豹骨、猴骨等）和貝殼類（石決明、牡蠣等）藥材等，鑑定時主要靠性狀鑑定以辨別真偽優劣，必要時可進行顯微磨片觀察；對去皮蛇類藥材可進行脊椎骨或鱗片的形態和組織切片觀察；對海狗腎類藥材，除一般形狀鑑定外，還可採用x光拍片，觀察陰莖骨的形狀和大小加以鑑別；對有些采自動物體的分泌物和生理、病理產物的藥材，如麝香、牛黃、蟾酥等，除一般性狀鑑定外，主要靠顯微和理化分析，以防偽充或摻假。鑑定牛黃除用傳統經驗鑑別方法外，還要用顯微觀察或紅外光譜等來考察純度防止摻偽，同時要做主要成分膽酸、膽紅素的定性定量分析；對有的動物產物，如蜂蠟、蟲白蠟等，還應測定其熔點、溶解度或酸值、皂化值等以控制藥材的質量。
值得指出，動物類藥材的主要成分不同於植物類藥材，含有大量的蛋白質及其水解產物，主要包括胺基酸、動物肽毒、酶及糖蛋白等，許多都是動物藥的主要有效成分。現已有大量報導，利用它們含蛋白質、胺基酸的組成和性質的不同，用聚丙烯醯胺凝膠蛋白電泳法可成功的把動物藥材與類似品、偽品區別開來。如阿膠的鑑別，不但可用上法進行，採用蛋白質等電點檢測法或蛋白質運動粘度法進行鑑別也均獲得成功。