胺基酸（aminoacids）蛋白質（proteins）和酶類（enzymes）蛋白質是高分子量的化合物，由α一胺基酸組成。這些胺基酸約有30 種，具r一ch（nh2）一c0oh的通式。有的氮在環中。酶是生活有機體內具有特殊催化能力的蛋白質，它們大多能溶於水，不溶於乙醇等有機溶劑。蛋白質的性質不穩定，遇酸、鹼、熱或某些試劑作用都可沉澱，例如將含蛋白質的水溶液加熱至沸或在含蛋白質的溶液中加入乙醇等溶劑，或加入中性鹽類（如氯化鈉）或醋酸鉛等試劑，都可使蛋白質沉澱，中草藥中蛋白質可據此種性質提取或去除。
中草藥中胺基酸與蛋白質成分的存在與否可用以下方法檢查,藥材冷水提取液1m1，加0．2％茚三酮試液2～3滴，搖勻，在沸水浴中加熱5分鐘,如顯藍、藍紫或紫紅色為正反應。
蛋白質與酶等在製備中草藥製劑時一般都被視為雜質而除去，因糖漿中有大量蛋白質時就易霉壞，注射劑中有蛋白質時易產生混濁以及注射後產生疼痛或更強烈的副作用。但最近也發現有一些蛋白質、胺基酸與酶都有生物活性作用，如從栝樓根（天花粉）中提得的天花粉蛋白質可用於人工引產與治療絨毛膜上皮癌，（即惡性葡萄胎），蕨蘿蛋白酶用於抗水腫與抗炎，南瓜子中提得的南瓜子氨酸（cucurbitine）可用於抑制血吸蟲、絛蟲、蟯蟲的生長，使君子中的使君子氨酸（quisqualicacid）可驅蛔蟲等。