植物色素(phytochromes)在植物中廣泛分布，有脂溶性色素與水溶性色素兩類。脂溶性色素多為四萜類衍生物，這類色素不溶於水，難溶於甲醇，易溶於乙醇、乙醚和氯仿等溶劑。常見的脂溶性植物色素有葉綠素、葉黃素、胡蘿蔔素、番紅花素和辣椒紅素等。其中胡蘿蔔素不溶於乙醇。有些色素有一定的生物活性，如葉綠素有一定的抑菌作用。
水溶性色素主要為花色甙類，又稱花青素，普遍存在於花中。可溶於水與乙醇，不溶於乙醚與氯仿等有機溶劑，其色澤隨ph的不同而改變。
植物色素類常作為雜質除去，如在製備生物製劑或提取有效成分時加水稀釋而使葉綠素析出，水溶性色素可用醋酸鉛試劑沉澱或活性炭吸附除去。隨著科學研究的深入，已發現不少色素具藥用價值，如紫草的萘醌類色素能抑菌，紅花中的紅花紅素與紅花黃素能活血化瘀與抗氧化，薑黃中的薑黃素(curcumin)能降血脂和抑菌，梔子中的梔子黃色素(gardenin)能抑菌。