寒風乍起的季節，熱騰騰的火鍋又開始盛行，金針菇幾乎是涮火鍋時必不可少的一道菜。但要注意，金針菇一定煮熟再吃，否則容易引起中毒。
因為新鮮的金針菇中含有秋水仙鹼，人食用後，容易因氧化而產生有毒的二秋水仙 鹼，它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。一般在食用30分鐘至4小時內，會出現咽乾、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等症狀；大量食用後，還可能引起發熱、水電解質平衡紊亂、便血、尿血等嚴重症狀。
秋水仙鹼易溶於水，充分加熱後可以被破壞，所以，食用鮮金針菇前，應在冷水中浸泡2小時；烹飪時把要金針菇煮軟煮熟，使秋水仙鹼遇熱分解；涼拌時，除了用冷水浸泡，還要用沸水焯一下，讓它熟透。另外，市場上出售的乾金針菇或金針菇罐頭，其中的秋水仙鹼已被破壞，可以放心食用。
但是，金針菇並非人人皆宜。傳統醫學認為，金針菇性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃；關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。