元明清時期，隨著經濟，文化的進步，醫藥學有了新的發展。藥酒在整理前人經驗，創製新配方，發展配製法等方面都取得了新的成就，使藥酒的製備，達到了更高的水平。這一時期，我國已積累了大量醫學文獻，前人的寶貴經驗受到了元明清時期醫家的普遍重視，因而，在元明清時期，出版了不少著作，為整理前人的經驗做出了重要的貢獻。
《飲膳正要》是我國的第一部營養學專著。共三卷。天曆三年（1330年）刊。忽思慧為蒙古族營養學家，任宮廷飲膳太醫時，將累朝親侍進用奇珍異饌，湯膏煎造，及諸家本草，名醫方術，並日所必用谷肉果菜，取其性味補益者，集成一書。書中關於飲酒避忌的內容，是很有道理的。具有重要的價值。書中的一些補酒，雖沒有詳細記載，但都是頗為有效的，在《本草綱目》中則有詳細記載。明代偉大的醫學家李時珍寫成了舉世聞名的名著《本草綱目》，共五十二卷，萬曆六年（1578年）成書。該書集明及歷代我國藥物學，植物學之大成，廣泛涉及食品學，營養學，化學等學科。該書在收集附方時，收集了大量前人和當代人的藥酒配方。卷25酒條下，設有“附諸藥酒方”的專目，他本著“輯其簡要者，以備參考。藥品多者，不能盡錄”的原則，輯藥酒69種。除此之外，《本草綱目》在各藥條目的附方中，也往往附有藥酒配方，內容豐富，據有人統計《本草綱目》中總計藥酒方約為200多種。這些配方極大多數是便方，具有用藥少，簡便易行的特點。《遵生八箋》是明代高濂所著的養生食療專著，共十九卷，約成書於萬曆十九年（1591年），全書40多萬字，分為八箋，以卻病延年為中心，涉及醫藥氣功，飲饌食療，文學藝術等。其中的《飲饌服食箋》共有三卷，收釀造類內容17條。釀造類中的碧香酒，地黃酒，羊羔酒等，均為宋代以來的名酒。其中一些是極有價值的滋補酒。此外在《遵生八箋》中的《靈秘丹藥箋》中還有30多種藥酒。《隨息居飲食譜》是清代王孟英所編撰的一部食療名著，共一卷。鹹豐十一年（1861年）刊行。書中的燒酒條下附有7種保健藥酒的配方，製法和療效。這些藥酒大多以燒酒為酒基。與明代以前的藥酒以黃酒為酒基有明顯的區別。以燒酒為酒基，可增加藥中有效成分的溶解。這是近現代以來，藥酒及滋補酒類製造上的一大特點。明代朱__等人的《普濟方》，方賢的《奇效良方》，王肯堂的《證治準繩》等著作中輯錄了大量前人的藥酒配方。明清時期也是藥酒新配方不斷湧現的時期。明代吳__的《扶壽精方》，龔庭賢的《萬病回春，《壽世保元》，清代孫偉的《良朋匯集經驗神方》，陶承熹的《惠直堂經驗方》，項友清的《同壽錄》，王孟英的《隨息居飲食譜》等都記載著不少時清時期出現的新方。這些新方有兩個值得提出的特點：
1.補益性藥酒顯著增多。明代吳__的《扶壽精方》藥酒門載藥酒方9首，方雖不多，但集方極精，其中有著名的“延齡聚寶酒”，史國公藥酒等。在《萬病回春》和《壽世保元》兩書中，記載藥酒近40種，補益為主的藥酒占有顯著地位，象“八珍酒”，扶衰仙鳳酒，長生固本酒，延壽酒，延壽瓮頭春酒，長春酒，紅顏酒等都是配伍較好的補益性藥酒，有較大的影響。吳，龔二氏輯錄的藥酒方，對於明清時期的補益性藥酒的繁榮起了積極的作用。在前面所列的清代書目中，也記載著數目可觀的補益性酒，其中的歸圓菊酒，延壽獲嗣酒，參茸酒，養神酒，健步酒等都是較好的補益性藥酒。與明清以前的藥酒相比，這一時期可說是補益藥酒繁榮的時期。
2.慎用性熱燥熱之藥。唐宋時期的藥酒，常用一些溫熱燥烈的藥物，象烏頭，附子，肉桂，乾薑等。這樣的藥物如果濫用，往往會傷及陰血。金元時期我國醫學界學術爭鳴十分活躍，濫用溫燥藥的風氣受到許多著名醫家的批評。這對明清時期的醫學有深刻的影響。故明清的很多藥酒配方採用平和的藥物以及補甸養陰藥物組成，這樣就可以適用於不同病情和機體狀況，使藥酒可以在更廣泛的領域中發揮作用。明清時期還出現了一批方論專書，作者著重研究用藥組方的規律，結合優秀方劑，從理論上闡述用藥道理和配伍規律，象明代吳昆的《醫方考》，清代汪昂的《醫方集解》。這此專著闡述配方時也涉及到藥酒。《醫方考》一書中就論述了七種藥酒配方的組方用藥的道理和主治功效，基中包括虎骨酒，史國公酒，枸杞酒，紅花酒，豬膏酒等。這對於促進藥酒配方的研究，指導正確使用起到了一定的作用。明清時期的藥酒在配製方法上，突出表現了在熱浸法的普遍使用上。適當提高浸漬溫度可使植物性藥材組織軟化，膨脹，增加浸出過程中的溶解和擴散速度，有利於有效成分的浸出，而且還可以破壞藥材中的一些酶類物質，增強藥酒的穩定性，因此採用熱浸法對於許多藥物來說具有更好的浸出的效果，是一種科學方法。