這本書講的是蟲群和人類的戰爭。
在很久以前，蟲群摧毀人類的文明，含有劇毒的植物組成令人望而生畏的“腐海”森林。隨著時間的流逝， “腐海”森林的範圍逐漸擴大，吞噬了周邊的國家。但在一片腐海森林的旁邊，有一個叫“風之谷”的地方，這裡居住著一群人類。主人公娜烏西卡和村民一直都利用這風、水來抵抗那些毒氣，過著和平的生活。
忽然有一天，戰火蔓延到了風之谷，西方強國的公主庫夏娜統治周邊國家，來消滅蟲族，奪回人類的霸權，這時，曾經在火之七日燒光了整個世界的怪物“巨神兵”重現人間。這毀滅的戰爭快結束的時候，娜烏西卡便用自己的犧牲換取了王蟲們的信任，後來，王蟲被感動了，便讓娜烏西卡再次復生。
娜烏西卡反對殺光蟲群，是因為蟲群是在保護森林，而不是在剝奪人類的生存權。相反，是人類在剝奪蟲群的生存權，所以王蟲有時會發怒，而讓人們覺得蟲群是壞的。而庫夏娜公主用邪惡的搏鬥、鮮血來換取人類的霸權，還用那些巨神兵來殺蟲群，她剝奪了蟲群的生存權，做得太過分了。
人類應該跟蟲群和好，無論什麼生物都不應該斬盡殺絕。