《夢的解析》一出，在當時是不被人們接受的，其主要原因在於其中理論多為弗洛伊德自己在治療一些精神病人時通過感性經驗進行的總結，沒有理論數據的支持。另一方面，當時的心理學家對於弗洛伊德將個別精神病人的案例所得的結論普遍套用在正常人身上的做法表示不能接受。所以，這本書剛出版時受到了很大的冷落和責難。雖然今天，人們發現這本書有著它偉大的價值，而且弗洛伊德偉大心理學家的地位逐漸被認可，但是，我們對於他的觀點並不能全盤接受。《夢的解析》中存在著一些不容忽視的缺憾。
首先，《夢的解析》是弗洛伊德自己的感性總結，沒有經過任何科學的論證，雖然其中的解釋不乏合理可信之處，但對於講求有科學依據地研究心理學現象的現實情況不符。另外的一點，上文也有提過。弗洛伊德本人是一位精神病學家，他對於人類的精神病有深入的研究。但是，他將精神病人身上的特性推廣到普通人身上，就讓大多數人無法接受了。在《夢的解析》中，這一點也有體現。
弗洛伊德認為在人們心目中最大的禁忌就是“性”，而“性”又是人的本能，對於“性”的這個禁區，人們既想闖入，又迫於道德限制，所以只有在夢中釋放自己的願望，使自身得到滿足。基於這樣的理論，弗洛伊德在其對夢的解釋中，除了個別十分明顯的是對普通欲望的滿足（如饑渴、排泄等）的夢外，大多數夢在他的眼裡都與對性的渴望脫不了干係。這樣的說法不但難於被人接受而且過於絕對，並不能涵蓋所有夢的意義。
第三，弗洛伊德認為夢的作用就在於滿足人的願望，可以保護睡眠。這樣的說法過於絕對。事實上，在我們的夢裡，除了滿足願望的夢之外，也不乏一些焦慮的夢，有些夢甚至會影響到人的睡眠，例如單純地受到白天未解決的事務影響而做的夢。雖然，弗洛伊德認為人民們的驚醒並非是夢導致的，而是由防禦機製造成的，但他仍沒有對於噩夢本身的產生給出合理的解釋。
在弗洛伊德看來，縱使夢本身的含義並不單一，他也不能給出過於多的解釋，因為這對於一個理論的誕生是不利的。對於精神分析學這個理論學問來說，弗洛伊德不能兼顧夢的含義的所有可能性，但在對於精神分析治療時，我們不應該以偏概全，忽視掉其他的可能性。
最後，弗洛伊德提出進行夢的解剖分析時必須對病人的生活背景有深入的了解才行。這一點，我們認為是應該肯定的。也因為這個原因，我們不應妄自對他人的夢加以揣析。要想正確地解夢，我們就必須對做夢者有一個長期的縱向了解，因而解析夢這個過程，也是十分費時費力的。