《海底兩萬里》的主要內容是敘述法國生物學家阿龍納斯教授在深海旅行的故事。故事的起因是1866年所發生的一件鬧得滿城風雨的怪事。當時不少航行船隻在海上發現了一頭大“海怪”,並有船隻遭到“海怪”的襲擊。出於對航海安全的考慮，也是在公眾的呼籲下，由美國派遣了一艘戰艦對“海怪”進行追逐。法國生物學家阿龍納斯教授受邀參加了這次追逐行動。結果，追逐怪物的戰艦反被怪物追逐，並遭到“海怪”的兇猛襲擊。阿龍納斯教授和他的兩位同伴落水，被“海怪”所救，此後便跟隨“海怪”週遊四海，探盡海底秘密，歷盡艱辛和風險。最後，他們因不堪海底世界過於沉悶的生活，又設法逃走，重回陸地。
海底兩萬里主要內容
故事並不複雜：故事發生在1866年，法國人阿龍納斯，一位生物學家，應邀赴美參加一項科學考察活動。這時，海上出了個怪物，在全世界鬧得沸沸揚揚。科考活動結束之後，生物學家正準備束裝就道，返回法國，卻接到美國海軍部的邀請，於是改弦更張，登上了一艘驅逐艦林肯號，參與“把那個怪物從海洋中清除出去”的活動。
經過千辛萬苦，“怪物”未被清除，驅逐艦反被“怪物”重創，生物學家和他的僕人康賽爾以及為清除“怪物”被特意請到驅逐艦上來的一名捕鯨手尼德蘭，都成了“怪物”的俘虜！結果發現“怪物”是一艘尚不為世人所知的潛水艇，名“諾第留斯”號。
潛艇對俘虜倒也優待；只是，為了保守自己的秘密，潛艇艇長尼摩從此永遠不許他們離開。阿龍納斯一行別無選擇，只能跟著潛水艇週遊各大洋。十個月之後，這三個人終於在極其險惡的情況下逃脫，生物學家才得以把這件海底秘密公諸於世。
海底兩萬里主要內容
1866年，在海上發現了一頭被認為是獨角鯨的大怪物。法國生物學家阿龍納斯應邀參加追捕。追捕過程中，阿龍納斯、他的僕人康塞爾和捕鯨叉手尼德？蘭三人，發現這怪物不是什麼獨角鯨，而是一艘構造奇妙的潛艇。
潛艇船長尼摩，是個不明國籍、自稱“跟整個人類斷絕了關係”的神秘人物，身材高大，神情自信、堅毅。尼摩邀請阿龍納斯參觀了這艘令人驚嘆的現代工業的傑作—一諾第留斯號；它利用海浪發電，供給船上熱、光、動力；它所需的一切都取自海洋。它是尼摩在大洋中的一個荒島上秘密建造起來的。
阿龍納斯及其同伴乘諾第留斯號，從太平洋出發，開始了海底探險旅行。透過潛艇玻璃窗，海洋把各種光怪陸離的景象展現在他們面前：應有盡有的海底植物，空中飛鳥般的各種魚類，以及到處皆是的形形色色的節肢動物、軟體動物……使人目不暇接。他們觀察著，研究著。途經克利斯波島，潛艇停在海底，他們穿上潛水衣，漫步在海底平原上，用特製的步槍在海底森林裡打獵。書中描寫海底奇妙的世界，令人稱奇：
這真是一片奇妙又少見的海底森林，生長的都是高大的木本植物，小樹上叢生的枝權都筆直伸向洋面。沒有枝條，沒有葉脈，像鐵桿一樣。在這像溫帶樹林一般高大的各種不同的灌木中間，遍地生長著帶有生動花朵的各色珊瑚。美麗極了！