晉穆帝司馬聃（343年——361年）344年—361年在位17年。
司馬聃，康帝長子，344年由於晉康帝駕崩，2歲的他走向皇位，由於年幼而由褚太后掌政，並由何充輔政。何充過世後改由蔡謨與司馬昱輔政。晉穆帝在為期間東晉雖然北伐失敗，但是由於桓溫消滅了在四川立國的成漢，並且於356年奪回洛陽，雖然不久就因為糧運不繼而撤退，東晉的版圖仍然有所擴大。 361年晉穆帝病死，終年19歲。
晉哀帝司馬丕（341年——365年）361年—365年在位5年。
司馬丕，字千齡，為東晉的第六代皇帝，晉成帝之子，晉穆帝之堂兄弟。晉哀帝本應繼晉成帝之位即位，但是由於權臣庾凍的意見而無法即位；司馬丕於361年在晉穆帝死後即位，改元隆和，但是大將桓溫當國，晉哀帝形同傀儡。晉哀帝即位不久就迷上了長生術，按照道士傳授的長生法，斷榖、服丹藥，結果晉哀帝服藥後藥性大發而不能聽政，於是由褚太后再次臨朝。365年晉哀帝便因藥物中毒死於太極殿，時年25歲。
晉廢帝司馬奕（342年——386年)365年—371年在位6年。
司馬奕，字延齡，東晉的第七位皇帝，晉成帝之子，晉哀帝司馬丕同母之弟，又稱海西公。司馬丕死後，司馬奕於365年（興寧三年）2月23日即帝位，司馬奕即位之時，桓溫掌握朝政，而且桓溫也有意廢掉司馬奕自即位為皇帝，但司馬奕本身並無過失可言，桓溫便指司馬奕陽痿不能人道，於371年廢司馬奕為東海王，之後在貶為海西公，遷居吳縣。司馬奕遭此挫折，心灰意冷，又怕再遭禍端，便枉塞聰明以苟且偷生。之後司馬奕便沉迷於酒色，於386年過世，時年45歲。曾用年號：太和（366年）
晉簡文帝司馬昱（320年——372年）371年—372年在位2年。
司馬昱，字道萬，河內溫縣人，晉元帝少子，母鄭阿春，司馬紹之弟。幼岐嶷，為元帝所愛。初封琅邪王，初封會稽王，桓溫於公元371年11月廢司馬奕後，於同月己酉日立他為帝，改年號為“鹹安”。
司馬昱繼位後，一切聽命於桓溫，形同傀儡。公元372年7月，司馬昱病危，宣布立子昌明為太子，並在一天一夜之內，連發四道詔書，請以大司馬鎮姑孰（今安徽省當塗縣）的桓溫入京輔政。桓溫不理睬，司馬昱只好寫下遺詔，授權桓溫可以依據周公輔助成王的故例攝政；如果太子不值得輔助，可以取而代之，自行稱帝。
郎中王坦之接到這詔書，極力勸諫，並當著司馬昱的面將詔書撕成碎片。司馬昱自慰地說：“天下本是取來之物，卿何必如此著急呢？”王坦之反駁說：“天下是宣帝、元帝的天下，陛下怎能私自授予他人！”司馬昱沉吟良久，無話可答，命令王坦之重新起草遺詔，改成：“家國大事都要一一稟告大司馬（桓溫），太子要象劉禪對待諸葛亮一樣，敬重桓溫。”第二天（己末日），司馬昱死於建康宮中，終年53歲。司馬昱死後的廟號為太宗，諡號為簡文帝。
晉孝武帝司馬曜（352年——396年11月6日）372年—396年在位25年。
司馬曜，字昌明，是東晉的第九個皇帝，晉簡文帝的第三個兒子，晉安帝和晉恭帝的父親，母李陵容。383年，與前秦有“淝水之戰”，在謝安領導下，大敗前秦軍。謝安死後，社會矛盾逐漸尖銳。加上，孝武帝“溺於酒色”，時因酒後戲言，被張貴人命宮女用被子悶死，終年45歲。
晉安帝司馬德宗（382年——419年1月28日）396年—419年在位23年。
司馬德宗字安德，是東晉的第十位皇帝，孝武帝長子，即位後，發生內亂，國勢日衰，安帝沒有什麼政治才能，被劉裕買通宦官勒死，終年37歲。諡號為安帝。
晉恭帝司馬德文（386年——421年）418年—420年在位3年。
東晉的末代皇帝，孝武帝子，安帝同母弟，最早封琅邪王，後被封為中軍將軍、散騎常侍、衛將軍、開府儀同三司，加侍中，領司徒、錄尚書六條事等職。劉裕勒死安帝後，立他為帝。為劉裕所廢，後又被劉裕派人用被子悶死，終年36歲。
桓玄之亂後，劉裕當政，司馬德文知道劉裕有篡位與殺害晉安帝的企圖，而且晉安帝本人不辨饑寒，司馬德文便隨侍於晉安帝左右；直到有一次司馬德文因病出宮，劉裕才派人殺害晉安帝。劉裕本人有意自稱皇帝，但由於圖讖所言“昌明(晉孝武帝）之後有二帝”，於是劉裕為符合圖讖所言，便於418年改立司馬德文為皇帝，次年改年號為元熙。