主人公喬班尼，是一邊照顧生病的母親，一邊上學的普通學生。他有一個叫做柯貝內拉的堅強又有能力的青梅竹馬，但是隨著年齡漸漸變大，兩人之間的距離也越來越遠了，最近甚至連互相說話的機會都不太有了。在一個祭典的晚上，柯貝內拉正被朋友們圍著，在河岸邊一起在水上放鳥瓜燈籠，而喬班尼卻只能在山坡上一個人孤獨的呆著。然而，回過神來的時候，喬班尼已經身處漫遊銀河的列車之中。而柯貝內拉也在那裡等著他。兩個人自此開始了銀河鐵道的旅行。
有傳聞說，喬班尼和柯貝內拉在現實中是有其原形的。
內向又孤獨的喬班尼就是賢治自己，而柯貝內拉的原形雖然有很多種不同的說法，但是最為大家接受的則是賢治的妹妹登志。登志比賢治還要小兩歲，在學校里也經常是第一名，是一個優等生。賢治一直都為登志感到非常自豪，登志也一直仰慕著自己的哥哥。兩人的感情非常的好，就連登志去東京上學的時候，兩人的信件也不曾間斷過。十八歲的時候，因為法華經而深受感悟的賢治，和熱心於淨土真宗的父親產生了深刻的對立。而登志卻相信了那樣的賢治，成了賢治以外家中唯一信仰法華經的人，一直在背後支持著賢治。對於賢治來說，登志不僅僅是他的妹妹，還是與他共有思想和世界觀的唯一的存在吧。
《銀河鐵道之夜》其實是一個很悲哀的故事。
“柯貝內拉，讓我們一起去吧！”喬班尼向好友柯貝內拉提出飛向宇宙盡頭的邀請。然而回過頭的喬班尼面前，柯貝內拉已經不在那裡了。喬班尼努力從列車的視窗探出身子，奮力猛打自己的胸脯，大聲疾呼，最後扯開噪門失聲痛哭出來。後來，在山丘的草坪上醒過來的喬班尼，被告知柯貝內拉為了幫助放鳥瓜燈籠時不小心掉進水裡的同學扎內利而溺死在了河川里。
那個晚上的喬班尼，究竟是以什麼樣的心情眺望著天空呢？
天空中的星星一個一個變暗消失，整個世界漸漸明亮起來，而柯貝內拉的身影卻向著黑暗之中漸漸遠去了。看著這些的喬班尼，究竟在想些什麼呢……
無法睡著的漫長又痛苦的夜晚迎來光明的時候，早晨的陽光也逐漸揭露著殘酷的真實。
明明是拚命前進的道路，但是當你察覺到自己所在的地方和以前並沒有絲毫改變，仍舊回到了原來的地方的時候，我們除了對著蒼白的天空悲愴慟哭以外，還能夠做什麼呢？
現實世界裡，宮澤賢治也失去了非常重要的人。在賢治二十六歲的冬天，他如此喜愛著的妹妹登志，因為疾病而過世了……賢治把當時所受到的打擊，在《永訣的早晨》、《松之針》、《無聲慟哭》等幾首詩中寫了出來。那是連靈魂都流出鮮血，連聲音都發不出來的絕望哀叫，讓人覺得胸口也要崩潰了一樣……
然後，在失去了“唯一一個擁有相同信仰的同伴”之後的兩年里，賢治寫下了《銀河鐵道之夜》的初稿……
在那之後，賢治身上也發生了很多悲哀的事情。
宮澤賢治雖然有被稱為傾盡全力幫助故鄉的農民的聖人，但其實他很不擅長和別人交往，和父親的關係也很差。連最愛的妹妹和最好的朋友們也都離開了他，他在世的時候，也未曾以作家的身份獲得別人的認同。
賢治生前出版的書，只有詩集《春與修羅》和童話集《要求特別多的餐廳》兩冊而已。而且連一本都沒有賣出去。《春與修羅》是賢治自費出版的，而《要求特別多的餐廳》則是以給了賢治一百冊書代替了應得的版稅，然而剩下的也完全賣不出去，賢治只能向父親借錢把其餘的兩百本存貨自己買了回去。這兩本書在當時都沒有獲得什麼好的評價。