(1)黨政領導幹部公開選拔制度阻礙了公務員個人職業生涯的發展規劃
公務員是實施行政行為的主體，是行政組織中最具活力的因素。公務員的職業生涯規劃指公務員自身積極、主動地對自己未來的職業發展方向及路徑所作的計畫。在我國現階段的幹部制度下，公務員的職業發展通路比較狹窄，適合公務員成長規律的多樣化的職務分類還不夠健全，公務員所任職的政府機構是其職業生涯規劃的重要主體之一，當領導事實上成為許多公務員實現人生價值的唯一途徑。公務員要實現個人職業生涯發展，就必須獲得職務上的晉升，而獲得職務晉升的前提條件是必須有職務空缺。在傳統幹部選拔任用制度下，領導職位空缺後，組織內部的正常晉升順序保證了符合條件的後備幹部依次遞補。一部分幹部經過多年的努力，已經成為即將進入領導層的後備人選，公開選拔黨政領導幹部制度的推行改變了通常晉升的基本格局，很多職位被系統外部的人員通過考試獲得，使得這部分幹部也需通過公開選拔的方式來產生，無形中就在很大程度上擠壓了原本就相對狹窄的晉升空間，直接影響到他們職業生涯的發展。
(2)領導幹部公開選拔制度降低了官員對組織的忠誠度，增加了行政系統內矛盾發生的可能性
領導幹部公開選拔制度是以能力為首要價值取向的,其對幹部選拔的能力價值導向在一定程度上可能導致忠誠價值的弱化。公開選拔需要被錄用者本身必須具有相當的知識和技能,通過自身的積極努力和爭取獲得職位,帶有很強的自致性。在傳統的任命制度下,被任命者往往對任命自己擔任某一職位的組織懷有某種感激之情，從而表現出較高的組織忠誠度。而在公開選拔制度中，職位獲得的自致性在一定程度上削弱了個人對組織的感激，認為職位的獲得完全來自於個人的努力爭取，進而降低了對組織的忠誠度。這也很大程度上增加了系統內部矛盾發生的可能性。在現行的公開選拔制度下，很多副職的領導是由公選競爭上任的，自己有很強的民眾基礎，對正職領導下的行政組織系統往往缺乏相應的政治忠誠感，任命的正職和公選的副職容易產生責任和許可權之間的衝突，從而增加內耗，破壞系統內部的團結。
(3)公開選拔領導幹部制度損害了行政組織系統的穩定性
官僚體制存在的一個重要合理性在於它的穩定性，以穩定性來抵制政治領域權利變動對行政領域的影響，保證國家政策執行上的穩定性和連續性。只有保證公務員的職務穩定性,才能使公務員有能力對抗政治壓力和利益誘惑。這決定了公務員晉升體制必須是一個沉穩的制度，通常按照資歷和經驗的積累來獲得職務的升遷或者其他形式的補償。在領導幹部公開選拔制度之下，只要符合規定的招考條件，任何人都有機會報名參加某一職位的公開招考，通過公開、公平、公正的考試獲得任職的機會，這就為公務員超越傳統的升遷途徑提高了機會。在獲得升遷的巨大誘惑之下，許多公務員不安於本職工作，一心想要通過考試獲得領導職位也就不足為奇了。行政系統內部人員的頻繁變動在很大程度上妨礙了政府工作的連續性和公務員隊伍的穩定性。
五、結語
我國公開選拔領導幹部制度在行政領域的實踐，激起了公務員系統的千層浪，為我國的幹部人事制度改革帶來諸多方面的新鮮活力，但是其在實踐過程中表現出來的負面影響仍需要我們在進一步的改革與實踐中不斷的避免與改進。人無完人，金無足赤，我們期待著領導幹部公開選拔制度在實踐烈火的考驗與鍛造中不斷地成熟與完善。