存在的問題網路化建設過程中存在的問題由於鄉鎮衛生院的網路人員及醫技人員對網路和軟體的操作存在一定的難度，導致鄉鎮及村級的數據難以上傳，從而導致鄉鎮合管辦和合管中心不能及時審核數據，進而影響本年度基金的使用。
鄉鎮和縣級合醫機構日常工作量大，包括日常報銷、處方審核、對定點醫療機構督查、人員培訓等及其他相應工作，在縣合作醫療網路運行中，需增加工作人員才能更好的管理合醫工作。鄉鎮合管辦人員負擔過重，不但分管合醫工作，有的還負責包村及計畫生育工作，造成合醫工作人員不能及時正常的審核上傳數據，導致鄉鎮衛生院的補償資金不能及時下撥到鄉鎮衛生院，鄉鎮衛生院資金鍊緊張。今後打算
我縣新型農村合作醫療工作在縣委、縣政府的領導下，在縣人大，縣政協的監督下，在縣衛食藥局的指導下取得了一定的成效，面對新形勢、新任務仍存在著一些問題，我縣將繼續以開展新型農村合作醫療為契機，大力深化農村改革，努力構建和諧社會，協力新農村建設，實現全面小康。除繼續保證合作醫療的報銷工作正常運行外，還要堅持以下四點：
1、進一步堅持督查制度，進一步加大督查的力度，以確保我區農村合作醫療在縣、鄉兩級工作的正常平穩運行。
2、在原有基礎上推進網路化的建設，真正做到網上錄入，網上審核，網上報銷，在明年實現省級平台運行後能夠實現省級直補。
3、利用移動通信網路，實施農民就診報銷信息進行實時管理。