實行村級財務會計工作代理制，是在農村稅費改革基礎上深化農村改革，加強村級組織建設的重大舉措。有利於提高村級財務管理和會計工作水平，預防和遏制村級組織的腐敗，推動村級組織管理的民主化和規範化。有利於農村基層政權的鞏固，緩解緊張的黨群幹群關係。這一舉措順民意、得民心，政治意義重大。為了真正實現這項制度設計的初衷和目的，將好事辦好、實事辦實，鞏固並擴大村級會計代理制的實效，結合農村會計代理制實施的現狀和實踐，在實行村級會計代理制度的過程中要注意以下幾個問題：
一、遵循“五權不變”
村級財務代理制從法律上講，是一種委託行為，就是會計服務機構受村民委員會的委託，代村集體記賬、做賬及進行財務管理。因此，推行村級財務代理制，要在“五權不變”的前提下進行，即村民組織的財務管理權、資金所有權、使用權、收益分配權、財產處置權不變、委託雙方要簽訂代理契約，明確雙方的權利義務和法律責任，以確保村級集體資產不被平調、挪用和侵占。
二、明確委託方與代理方的許可權
村級財務代理是在村民委員會授權下的財務管理。在《會計法》等相關法律基礎上村民委員會與代理中心簽訂委託書，委託書中應明確委託方及代理方的權利與義務，代理中心的主要職責是代理村級進行會計核算、辦理資金結算、實施會計監督等。
三、設定必要的賬戶及工作崗位
代理中心要在銀行開設村級代管資金賬戶，並設定審核員、記賬會計、資金會計三個工作崗位，資金會計最好由零戶統管的資金會計兼任。對各村實行審核報賬代理制，各村不設專職的會計崗位，從選舉產生的村委會委員中指派1人擔任村報賬員。
四、制定規範的操作程式
(一)賬務處理程式。各村報賬員每月定期到代理中心報賬，將合法的收支憑據交代理中心審計員審核蓋章，填制《××鄉（鎮）村級財務報賬單》兩份，雙方各持1份。除按規定應發放給村民的專項資金外，村級報賬原則上只允許使用稅務發票、財政票據、農經票據，儘量避免使用白條和花名冊等不合法不合規的原始憑據。代理中心記賬會計依據各村報送的憑據登記總賬及明細賬，村級報賬員只登記明細賬和輔助賬，由代理中心進行會計核算，編制會計報表一式三份，代理中心、村委會及其主管部門各持1份。年度終了，代理中心將各村財務會計檔案集中管理。
(二)資金收支劃撥程式。村級財務實行“收支兩條線”管理，即收入全額上繳、開支計畫下撥。各村的收入一律先到指定的銀行填寫《現金進賬單》，繳入村級代管資金專戶。支出由村月初編制用款計畫報鄉(鎮)人民政府審批後，再由報賬員填寫《村級用款申請表》，經代理中心審核通過後，由資金會計辦理劃撥手續。每月核定每村的備用金，以便日常開支。
(三)資金開支審批程式。代理中心對村級開支執行先收後支、先批後用、先審後入賬的辦法。建立嚴格的內部控制制度，明確村主任、民主理財小組、村民代表會的審批許可權，村級的公益事業集資和集體經濟發展項目等重大經濟決策，要由村民代表大會審批通過後依照有關決議和上級政府有關“農村公益事業一事一議”規定執行。
(四)資金管理約束程式。取消村級在銀行或信用社開設的所有資金賬戶，由代理中心為各村開設一個村級代管資金專戶進行核算。各村應在資金會計處預留付款印鑑，劃轉資金需在申請單上加蓋村財務專用章和報賬員印章，不得透支資金。
(五)民主理財程式。各村成立3－5人的民主理財小組，每月定期辦公，監督村級執行各項財務制度，審批資金開支。收支單據需經過“四簽一審”的程式方可入賬，即所有收支憑證先由經辦人簽說明性意見，然後由與收支有關的人（可以見證收支事項的其他人）簽證明性意見，村財務主管領導簽肯定性意見，村民主理財小組簽監督性意見並蓋民主理財章，交代理中心審核入賬。