4、征、退（免）稅脫節。一些基層征管機關對防範騙稅的意識不強，片面認為防範騙稅只是退稅部門的事，在農產品稅收日常管理中對少記收入和多提進項稅關注很多，對企業生產能力、出口業務的真實性和退（免）稅的申報及核算監控得少，沒有充分意識到徵稅部門管理是退（免）稅的重要前置環節，而退稅部門不能時刻了解出口企業的實際生產經營狀況，工作往往停留在出口單證的書面審核上，部門間協作溝通較少，加大了退稅風險。
納稅人主觀遵從因素:
1、受利益驅動，農產品經營及加工企業把收購憑證當成稅負“調節器”， 人為增減進項稅額，調整稅負。有的企業出於多抵進項稅、騙取出口退稅的目的在收購價格和數量上弄虛作假，提高農產品票面收購價格、虛增收購數量、擅自擴大開具範圍、填寫不實內容，將不允許抵扣的運輸費、保險費、倉儲費、手續費及其他附加費等擠入收購價格，虛增農產品進項稅額扣除依據，虛抵增值稅款。實際工作中，曾經出現一些收購企業從國有糧食儲銷公司購進原糧，卻主動不索取增值稅專用發票，而自行開具收購憑證抵扣進項稅額。
2、非正常損失不作進項稅額轉出。農產品在收購、儲備、生產環節上因管理不善易發生霉變，形成非正常損失，按稅收制度相關規定，企業應定期對存貨進行盤點並作相應的賬務處理，但部分企業依仗農產品難以盤點的特點而對這一部分損失不按規定作增值稅進項稅額轉出處理，從而多抵扣進項稅額。
3. 瞞報收入，體外循環，賬外經營。農產品受品質等級、年份季節、產地等因素的影響，在一定時期成分含量有所區別，其投入產出比也就不同。企業往往會以原料有效成分含量低、雜誌較多、設備老化和技術水平不高為藉口，擴大賬面投入量，虛增原材料數量，減少產成品數量，為企業瞞報收入創造條件；而銷售對象很複雜，終端市場相當部分消費者不主動索取正規發票，也為企業瞞報銷售收入提供了可能。
4、產成品成本結轉不實。農產品加工企業在計算完工產品的成本時，產成品耗用的直接材料的金額和數量，往往是以當月完工產品的數量乘以一個分配率倒擠出直接材料的耗用數量和金額。這種結轉成本方法也出現在其他類型的工業企業中。這個人為設定的分配率與該行業的平均投入產出比率大體相當，如某大米加工企業採用的分配率就是正常的出米率68—74%之間的一個比例74%，而實際上該企業的直接材料的耗用比例是69%。分配率處於行業平均指標範圍內時，隱藏在更深層面上的偷漏稅問題不易被發現，所以說這種方法具有很強的欺騙性。現行企業所得稅政策對於收入、費用等項目規定較為細緻，而卻忽視了成本對於企業應納稅所得的重要影響。稅務機關在工作實踐中對於工業企業成本的監管偏弱。
針對上述問題，部分地方的稅務機關採取增值稅最低稅收負擔率控管，其利弊較為明顯。這一舉措利於組織收入，防止企業利用收購發票偷漏稅款。而不利於規範執法，並影響稅收中性原則。弊端具體表現為：
（1）為保證稅負水平，部分企業採取虛增收入、進項稅額轉出等手段申報，進項稅額中農產品收購憑證進項稅額所占比重可能出現100%情況。電費、運費、低值易耗品進項稅額應抵不抵，造成企業納稅評估指標異常。