（2）增值和盈利能力不同的企業所承擔的稅負水平一致，而且內控稅負指標單一，測算缺乏科學性，造成企業稅負隱性不公。行業共性問題沒有得到根本解決。
此外，部分地方的稅務機關採取控制企業收購憑證領用量、駐點監督收購等方式進行管理，取得了一定的實效。我局曾利用“雙耗”指標對農產品加工行業開展專項檢查。“雙耗”指標，就是農產品加工企業的“電耗”和“物耗”指標。這種管理方法是對每個加工企業涉及“電耗”和“物耗”的各項指標進行分析、整合，計算其產成品與用電量的關係、投入產出比、能耗比、物耗比等，為加強該行業的稅收征管提供了實踐依據。我局還採取管理員跟蹤收購、入庫等管理方式，加強對該行業的監控管理，使行業稅負有了明顯增長。歸納現有行之有效的征管經驗，結合農產品收購企業的稅收征管現狀，我們提出以下征管建議：
1、建立農產品收購備案登記制度。
對農產品收購企業要進行備案登記，應要求其報送企業收購農產品的品種並附生產工藝流程、主要收購地點、主要產品直接材料耗用率、年生產能力、倉儲能力、運輸情況說明等資料。稅務機關必須通過實地核查，核實有關部門情況，以便於動態掌握企業生產經營發生的變化，全面掌握企業信息，為深入監控打下基礎。
2、運用“單位原材料應納稅額”開展評估分析。
部分地方的稅務機關在運用這一方法的過程中積累了豐富的經驗，實踐證明，採用這一方法具有一定的評估分析實效。
企業的應納稅額=收購數量×（投入產出比×銷售單價×適用稅率-收購單價×法定扣除率）
將事情經過測算的企業投入產出比、銷售單價、適用稅率、收購單價、法定扣除率等指標代入公式，就得出了應納稅額與收購量的一個線型方程式，即應納稅額＝收購量×單位原材料應納稅額；然後將該企業取得的非農產品抵扣票據如電費、輔料採購、運費等所含的進項稅額扣除，就是該企業的稅負預警值。
3、建立“雙預約”制度。
（1）建立預約定耗制度。預約定耗制度是指稅企雙方就產成品耗用原材料比例（即主要原材料投入產出比）或投入產出正常損耗率進行預先約定，用以確定農產品生產經營中的正常投入產出比和損耗率，控制企業產品產、銷量及生產成本，解決企業銷售收入不入賬和虛開收購發票等問題的一項稅收管理制度。預約定耗程式：納稅人向稅源管理部門提出書面申請報告，稅源管理部門在接到申請後，稅收管理員實地調查核實該企業的生產經營情況、工藝流程，掌握原材料和產成品的投入產出比或正常損耗率，並參照同行業的國家標準和本地區同類行業近幾年相關指標平均值，提出該企業農產品投入產出比或損耗率的意見，經稅源管理部門評審，評審通過後送達企業。若納稅人對稅務機關提出的農產品投入產出率或損耗率無異議，簽署反饋意見後，雙方就把其作為約定的農產品投入產出比或損耗率，企業今後的生產經營將依照執行。
（2）建立預約收購制度。農產品收購一般具有季節性強、品種單一、數量較大的特點。針對這一特點，國稅部門可以要求納稅人在農產品收購前向稅務機關提出預約收購申請，稅務機關派員對收購現場情況進行監督，改事後收購憑證審核為事中收購行為監控，防止納稅人人為調節原料收購數量、價格，虛抵增值稅進項稅額。同時，如果是農產品產區，稅務機關可以建立農產品收購價格參考機制，定期公布本地區農產品收購價格。在每月或每季納稅申報期結束後，稅務機關發布農產品收購參考價格。企業收購價格低於稅務機關採集的參考價格，按企業的收購價執行；高於稅務機關採集的參考價格，則按稅務機關公布的參考價格執行。