4、實行“實耗扣稅法”。
稅務機關應借鑑商貿企業輔導期一般納稅人取得進項發票先進行比對，待比對無誤後抵扣的管理經驗，改變目前農產品收購企業增值稅抵扣方法，實行“實耗抵扣法”，將購進時全額抵扣，改為在購進時全額計提，記入待抵扣進項稅額，在企業銷售時按照實際耗用的數量計算進項稅額，從待抵扣進項稅額轉入進項稅額進行抵扣。納稅人只要不實現銷售，進項稅就不能抵扣，避免了納稅人一方面抵扣稅款，另一方面又不計提銷項稅的雙向逃稅行為。同時又可以限制納稅人根據銷售情況人為調整實現稅款的行為，使稅款均衡入庫 ，這是解決農產品加工企業稅負長期異常的一個合理、有效的手段。
稅款抵扣可以按照以下公式進行：當期允許抵扣的購進免稅農產品進項稅額=（當期銷售數量/農產品加工投入產出率）×平均購入單價×13%。
實耗扣稅法在稅收管理上具有以下優點：（1）降低管理成本。只要測算企業的投入產出比，就能有效控制企業的應交稅金，堵塞偷稅漏洞。（2）稅收收入相對穩定。因不再受購進和庫存的影響，企業稅負率波動不大，在各期實現稅收數量相對平穩，納稅評詁工作比較容易開展。（3）收購憑證的管理難度降低。因收購憑證不再作為企業抵扣稅款的主要憑證，企業應交稅金的多少與開票量沒有直接的關係，自然會降低發票管理的難度。
5、控制收購業務資金支付手段。以資金流向控管農產品收購業務，以規範企業付款方式、賬務處理為手段，掌握企業的資金流向。稅務機關可以要求企業對收購農產品一次性付出現金在一定金額（如1000元）以上的業務改現金結算為銀行結算；對付款方向與供貨人不一致的，不得抵扣其進項稅額。
6、明確責任，加強征、退（免）稅部門配合。根據農產品退（免）稅管理的特點，稅務部門應制訂行之有效的管理制度和辦法，明確征、退（免）稅部門崗位規程和責任，並從企業業務的真實性入手，充分利用出口退稅預警系統，認真落實管理員制度，加強日常巡查，掌握企業生產經營情況，退（免）稅部門在辦理退（免）稅前應認真搞好案頭分析，會同管理員對業務真實性搞好實地的調查核實。
本文對於農產品收購企業征管問題的論述對於自行成立廢舊物資收購經營單位或與之存在關聯關係的用廢企業的稅收征管也具有一定的實踐借鑑意義。