④統籌基金最高支付限額政策的影響。我縣統籌基金的支付最高限額為2.8萬元，在全市比較居高。南川等縣的平均最高限額為2.5萬元，其中萬州為2.2萬元。由於我縣的最高限額偏高，在統籌基金中支付額度相對就較大。
（3）醫療管理需要加強。為了加強醫療保險管理，我縣出台了《關於進一步加強醫療保險管理工作的通知》、《**縣基本醫療保險違規行為舉報獎勵暫行辦法》，修改了定點醫療機構考核辦法。今年以來更是加大力度，先後查處了多起違規事件，並嚴處了違規醫療機構，一定程度上遏了違規行為。但由於醫療保險管理是一項世界性難題，小病大養、弄虛作假等行為仍然是基金流失的重要原因。仍需要進一步切實加強管理。
2、共性原因。以下情況是全市乃至全國都存在的，屬於共性原因。
（1）藥品及診療項目的更新、濫用好藥等因素導致醫藥費的增長。這是每個縣都存在的問題，也是我縣基本醫療保險從縱向比較費用增長的重要原因。醫療保險施行以為，重慶市多次調整了藥品目錄和診療項目，擴大了可報銷藥品範圍和新增了先進的可報銷醫療項目，使醫療費用呈自然增長。同時，也有個別醫療機構蓄意推薦、部分參保職工盲目選擇費用昂貴的進口材料、先進診療技術。醫務人員隨意使用好藥貴藥也是費用增長的原因，例如，以前醫生治病總是用價格比較低廉的藥物，如抗生素一般用青黴素、氨苄青黴素、慶大黴素等價格較低廉的藥物，而現在，或是受效益的驅動或是為求速效，醫生治病普遍採用頭孢他定、左氧氟沙星等瓶價格昂貴的藥物。
（2）還有一個帶有根本性質的原因。我國基本醫療保險的基本政策是基於構建和諧社會和建立健全社會保障機制的目的出發的，因此對退休職工、大齡下崗職工等特殊群體的繳費問題作了特殊的優惠的規定，對這部分人群參加醫療保險的風險，從政策出台的時候起就已經暗示由政府來承擔。換句話說，基本醫療保險政策從一出台就隱含著特殊人群不繳納或者少繳納費用給基金運行帶來的風險，這個風險由於是政府沒有從該部分人群就業之日起就建立醫療保險制度的歷史原因而形成的，所以其確定的但目前尚屬潛在的風險應該由政府承擔。這個風險表現在具體的運行過程中，就是基金的支出缺乏相應的收入來源。我縣大齡下崗出“中心”的參保職工120人，“軍轉乾”參保職工42人，其醫療費用由財政兜底。
綜上，我縣基本醫療保險基金運行存在較為嚴重的問題，出現問題的原因是多方面的，既有國家大政策體系的原因，也有本縣政策上的原因，還有管理上的原因。是否可以得出如下結論：我縣基本醫療保險運行的報銷水平是建立在高於我縣經濟發展水平、財力水平和基金本身的承受能力之上的；基本醫療保險政策深得民心，但基金運行壓力很大。
（三）解體企業職工醫療保險問題。一是目前醫療保險除靈活就業人員醫療保險外，均以用人單位為參保單位，企業解體後，職工的醫療保險接續問題沒有很好解決。二是醫療保險運行前的破產企業職工的醫療保險問題。按以前的政策，我縣於1993年開始運行車有企業大病統籌。按相關檔案，國有企業改制時，對達到退休年齡的職工進行了余命醫療費用清算，但未達到退休年齡的職工沒有解決好醫療保險的接續問題。