自從農村信用社開展改革工作以來，農村信用社的經營狀況明顯好轉，支農資金實力明顯增強，產權制度也進一步得到完善，但同時也暴露出一些問題，本文針對農村信用社改革的現狀、作法和存在的問題，提出了一些建議和對策。
一、改革和發展存在的問題
（一）產權關係仍需進一步明晰
多年以來，農村信用社產權不明晰，法人治理結構不完善，管理責任不落實，成為制約農村信用社發展的一個核心問題。以法人為單位改革農村信用社產權制度，關鍵就是要農村信用社作為一個市場主體，實現“誰出資、誰管理、出了問題誰負責”這一目標。這就要求股東在依照法律規定的範圍內以自己的出資額來清償債務，股東享有所出資產的收益權，企業由出資人或其雇用的經理人員來經營。按照市場經濟理論，產生這種效應的前提是生產要素的市場化流動、組合，而非政府行政主導。農村信用社由於歷史原因，使其自建社以來的所有改革均是政府行政主導的結果，社員投入資本的增多並不意味真正獲得更多的表決權和管理權，使社員沒有增加股本金份額的動力。目前，股本金補充仍處於被動引導而非主動增資的局面，導致農村信用社股本金經過多次的清產核資和改革規範都難以達到真正意義上的股權意義，這種非真正意義上的“股權”成為制約農村信用社改革發展的關鍵問題。
（二）法人治理結構不完善
農村信用社在由合作社轉向現代金融企業制度過程中，現有的法人治理結構不符合或不完全符合現代企業制度的要求，還沒有建立起決策、執行、監督之間的相互制衡機制，激勵和約束也沒有得到很好的匹配。具體表現為：決策機構、執行機構、監督機構各自的職責分工尚未明確，現有的許多規定在實際操作中難以執行，決策權、執行權、監督權在實際工作中沒有得到有效分離，股東會和理事會很難對信用社法人代表實施有效的監督和制約，“一長獨大”的現象仍然嚴重。
（三）經營機制僵化和內控乏力
由於長期受“官辦”思想和國有商業銀行管理模式的影響，農村信用社在管理上形成了“鐵工資”、“鐵飯碗”、“鐵交椅”的痼疾，難以實行有效的正向激勵制度，相當一部分農村信用社處於粗放經營狀態，員工素質普遍偏低，與其他銀行業金融機構相比存在著較大的差距，在同業競爭中處於劣勢。在內控管理上存在著制度不健全、制度執行力差、風險控制力弱等問題。
（四）歷史包袱沉重，資產質量差，經營困難，潛在金融風險仍然很大
為了明晰產權關係，真正轉換農村信用社的經營機制，國家對試點地區的農村信用社不僅發行了專項央行票據，置換了部分不良資產，彌補或部分彌補了歷年虧損掛賬，減免了稅收，達到“花錢買機制”的目的。應該說，這些扶持政策的貫徹落實，對於化解農村信用社的歷史包袱，改善資產質量，提高盈利能力發揮了巨大的促進作用。但是，我們必須清醒地認識到，農村信用社一些深層次矛盾和問題並未得到根本解決，風險狀況也沒有得到根本改善，今後改革發展的問題仍然不少。這主要表現在：農村信用社票據兌付條件“門檻”較高，“出門”困難，即使票據兌付後歷史包袱仍然較重，不良貸款總量仍然很大，而且還有許多潛在不良資產沒有反映出來；人均利潤、資產利潤率等指標較小而虧損面、虧損額仍然較大；撥備嚴重不足，抗風險能力尚未得到明顯增強；農村信用社股金雖然增加很多，但是不少股金在本質上仍然是存款化股金，基礎很不穩固；農村信用社在提足各項風險撥備後實際資本充足率仍然很低；內控制度很不健全，案件時常發生，潛在風險不容樂觀。