3、內部制度不完善。專業合作社雖然制訂了章程，但不能完全按章程辦事，董事會、理事會、監事會等組織不夠規範，制度不健全，開展活動不夠正常。合作社成員的素質不高，增加了合作社運作的難度。
4、部門配合不力。由於合作社是下崗工人、退休人員和農民組成的合作組織，目前主要依靠內部進行經營服務活動，還未引起有關金融及職能部門的有效重視，缺乏相關部門的指導和支持，以致出現貸款難、技術指導難等問題。
5、市場開發不夠。專業合作社開發市場的力度薄弱，信息網路仍停留在較為閉塞的狀態，在跨區域、跨行業、外向型發展上，信息量明顯不足。尤其表現在市場信息缺乏，導致市場功能弱化，合作效益不高。這些都需要有關涉農部門建立綜合信息分析處理平台，及時網上發布信息，宣傳推介天倉品牌，提升天倉對外形象，拓寬外地市場，幫助合作社實現和外界大市場“接軌”。
6、品牌效果不明顯。品牌是產品的無形標識，有形價值。天倉雖然製成了系列產品“三稷”牌 ，確定了以加工雜糧、艾蒿香為合作社的主導產業，該產品市場前景廣闊，但只限於雙遼本地。傳統產業、特色產業的優勢沒有放大出來。
7、合作社成員的綜合素質不高，人才缺乏。合作組織人員素質不高與人才缺乏成為兩大矛盾。一方面合作組織的發展需要組織管理人員有組織管理，統籌協調、對外交往等方面的知識和能力，但現實中大多數成員綜合素質不高，適應市場經濟的意識和能力不強，且缺乏創新能力。另一方面專業合作組織需要有一批有較高文化知識，懂技術、會管理、市場開拓能力強的複合型人才，而組織中缺乏這種人才，制約了專業合作組織的創新和發展。
三、對發展天倉雜糧種植專業合作社的幾點建議
1、創新機制，整合資源，形成下崗職工、農民加入專業合作社的良好格局
必須形成宣傳教育鼓勵下崗職工和農民加入合作社的氣候和氛圍，同步以專業合作社為載體，加強對下崗職工和農民的培訓和服務。抓好宣傳教育。政府要創新工作思路，作好宣傳教育工作。加大對有關法律的宣傳教育力度，幫助引導下崗職工和農民打消各種不應有的顧慮，提高思想認識，增強發展專業合作經濟組織的緊迫感和責任感，促使他們積極參與到專業合作社組織建設中來。抓好培訓和管理。政府要整合教育資源，發揮各類培訓機構作用，按照“社員選課、社會培訓、政府買單”原則，制定長遠科學培訓規劃，以培養“懂技術、會經營、善管理”的新型社員為目標，以對專業合作社帶頭人的培養使用考核獎勵作為重點，在政治上要給予適當的待遇。整合資源，多措並舉，切實為合作經濟組織的建立和發展搭建人才平台。
2、加大對專業合作社扶持力度，努力營造良好的發展環境
農業是基礎產業，是事關農民富裕社會穩定的大事，必須從戰略高度重視和支持農業發展。項目資金扶持。以傳統產業和特色產業為突破口，想方設法利用農業產業化、農業綜合開發、新農村建設等專業合作社具備條件的項目，有重點的扶持示範帶動效果好的擁有“三稷”品牌的專業合作社，並努力把這個具有市場品牌，發展前景好、帶動示範效果好的合作社培育為農業產業化“帶頭社”，真正形成“龍頭企業+專業合作社+農戶”的良好格局。寬鬆外部環境。要採取靈活的方式解決合作社的融資問題，尤其是金融部門應擴大服務範圍，探索小額貸款捆綁使用，對符合條件的合作社積極發放貸款，簡化貸款手續，實行優惠利率。有關部門要從實際出發，出台扶持政策，制定促進合作社發展的具體措施，加大支持力度，為合作社的成長營造一個良好的外部環境。