3、運作不規範，管理不到位
當前，我縣農民專業合作社的運營不規範最為突出的問題是大多數合作社的成員甚至理事長不清楚何謂真正意義上的合作社，對《農民專業合作社法》也缺乏深刻的理解，合作社的運營往往停留在簡單模仿的層次上。有的合作社雖然建立了相應的組織機構和各種規章制度，但缺乏對章程和規章制度的充分協商、論證。一些農民專業合作社在產權制度的設立、民主管理、財務管理等方面不能按照合作社的要求落實到位，嚴重影響了農民專業合作社的健康發展。
4、部門之間協調溝通不足，指導和管理缺乏有效手段
目前的情況是工商部門只負責登記發照，合作社的管理和指導以農委為主，相關部門配合。由於各部門之間分工不明確，職能不具體，造成對農民專業合作社在指導和管理上的不到位，甚至缺位。出現了誰都管，又誰都不管的現象。由於部門之間溝通不暢，管理措施不到位，使得一些合作社鑽政策的空子，不是在辦合作社為社員增加收入，而是在利用合作社的招牌為個人謀私利。
5、效果不明顯，農民入社的積極性不高
由於多數合作社規模小，運營差，在增加合作社農民收入上不明顯，使得沒入社的農民入社積極性不高，多數處在觀望狀態，造成合作社發展一度滯緩。
6、農民的文化素質較低，市場觀念和競爭意識較差
特別是能夠領辦專業合作社的帶頭人尤其缺乏。
四、對策建議
發展農民專業合作社，即是廣大農民的共同願望和迫切需要，又是各級政府義不容辭的責任。為加快發展農民專業合作社，建議做好以下幾個方面的工作。
1、加大宣傳力度，強化人員培訓，提高其參與合作社的能力和水平。要充分發揮電視、廣播、新聞媒體的作用，利用板報、牆報、公開板、宣傳欄等工具，通過科技下鄉等活動，向農民宣傳普及農民專業合作社的知識、釋講《農民專業合作法》，增強農民的合作意識，使更多的農民了解、支持、參加合作社。通過舉辦培訓班、專家講課、組織人員到先進地區學習等形式，進行合作知識、市場行銷、經營管理及法律等方面的培訓，培養一批懂技術、善經營、會管理，能夠帶領民眾共同致富的農村能人，鼓勵、引導和扶持他們領辦創辦農民專業合作社。
2、規範內部運作，夯實農民專業合作社發展基礎。規範農民專業合作社運行機制，建立健全產權明晰、管理民主、服務全面、分配公平的內部治理結構，是推進農民專業合作社又好又快發展的基礎。重點抓好五項工作。一是明晰產權。依照《農民專業合作社法》規定，對社員的出資方式、出資額以及出資所占比例，經全體出資成員簽名、蓋章進行重新確認，以明晰合作社的產權結構，保障成員的合法權益。二是規範完善章程。合作社要對章程重新進行完善，①加入合作社的農戶必須出資，並且是從事與合作社業務有關的農戶、企業、事業單位或團體。②成員個人所占股金比例最多不能超過總股金額的20%。③實行一人一票制。④主要按照社員的交易量(額)返還合作社盈餘。三是民主管理。合作社必須按照“成員大會決策、理事會執行、監事會監督”的民主管理機制運行。四是建立健全各項管理制度。合作社必須建立規範健全的財務管理、生產銷售管理、社員管理、盈餘分配、議事規則、社務公開、檔案管理等規章制度;財會人員要持證上崗，合作社必須獨立建賬核算，在銀行開設賬戶;建立社務重大事項民主決策制度，並實行財務公開，接受社員監督。五是強化對社員的服務。合作社與成員在農業生產資料採購供應、市場信息、業務培訓、技術指導和產品行銷等方面要有穩定的服務關係。合作社要建立統一的生產質量標準和標準化生產操作規程，並嚴格執行。