運行經費缺乏，也導致部分基層組織公共性弱化甚至異化。村民委員會是村民的自治組織，本屬公權機構，應當在法律規定的範圍內向全體村民提供公共服務。而由於缺乏運行經費，村委會往往仰仗本村的“大戶”、“望族”。如“新農合”制度規定村民參加“農合”，需每年繳費20元。由於醫療定價不合理，農民對“新農合”認同度不高，催繳成為村幹部十分頭疼的事。為了完成上級交辦的任務，只好想法籌款墊付。長此以往，村委會在發生糾紛或利益衝突時難以秉持公正，壓抑弱勢群體，成為鄉村治安惡化、惡性案件上升重要原因。
如何破解農村基層組織經費匱缺的問題，關鍵在於完善制度。我市於XX年7月1日實施的《市實施<中華人民共和國村民委員會組織法>辦法》,保留了“村提留”的表述，但隨著“三提五統”被取消，這一制度名存實亡。解決基層組織運行經費問題，不能走回頭路，不能恢復提留制度，但可以作必要的修改。
首先，要承認村級組織發揮作用需要經費保障，要允許村級組織以適當的方式向村民籌資，確保日常運轉。只要規定嚴格的監督制度，農民負擔問題不至反彈；其次，明確規定各項專項資金應當考慮基層組織的運行經費，專項列支，專門審計；第三，規定村級組織可以在一定的比例內提取村集體企業利潤彌補日常經費；第四，規定政府徵用農村集體土地後，應將一定比例的土地出讓金返還村、社組織，用於善後事宜的處理；第五，明確鄉財政扶持村級組織的資金比例。