（五）歸檔整理和管理還不夠科學。突出的表現在，一是收集不夠齊全；二是整理不規範；三是重文書檔案輕其他如圖片、影像、實物等檔案。
（六）現代化管理水平普遍較低
5鎮3鄉雖然全部按要求統一安裝了“南天檔案計算機管理信息系統”，但目前還處於文書檔案目錄的錄入階段，部分檔案人員對“南天”軟體的操作還夠熟練。多數鄉鎮現代化管理檔案的工作僅僅是處於起步階段，距原文資料庫的建立還任重道遠。村委會一級現代化管理檔案工作幾乎所有為零。此外，服務手段還不夠健全，檔案檢索方法還比較原始。
（七）撤併鄉鎮檔案遲遲未接收進館。撤併鄉鎮檔案的移交和接收制約因素較多，至今尚未接收進縣檔案館，難以確保齊全、完整和不發生安全事故。
三、加強我縣農業和農村檔案工作的對策
針對以上我縣農業農村檔案工作存在的問題，為推動檔案工作切實有效地為社會主義新農村建設服務，按照省委農辦、省檔案局、省民政廳、省農業廳關於印發《加強社會主義新農村建設檔案工作的意見》的通知精神，各級檔案部門、縣屬各有關部門、各鄉鎮要從思想上高度重視，正確認識農業農村檔案工作應有的地位和作用，增強做好檔案工作的責任感，認真落實科學發展觀，結合實際，扎紮實實地做好農業和農村檔案工作。
（一）完善機制，統籌規劃全縣農業和農村檔案工作。縣檔案行政部門要把做好為“三農”服務方面的檔案工作當成檔案工作中的重中之重，認真履行籌劃、組織、管理、監督農業和農村檔案工作的職責，依法加強對農業和農村檔案工作的指導、監督、檢查。要講究工作方法，做到因地制宜、分類指導、巨觀指導與具體指導相結合。要針對我縣檔案工作中存在的問題，制定《加強**縣農業和農村檔案工作的意見》，要制定和出台《**縣村級檔案工作業務建設規範》，《**縣村級檔案材料歸檔範圍和保管期限表》。
（二）加強協作，促進農業農村檔案工作不斷發展。檔案部門、縣屬各有關部門、各鄉鎮要按照《中華人民共和國檔案法》和新修訂的《雲南省檔案條例》的有關規定，把農業和農村檔案工作納入建設社會主義新農村的整體規劃和計畫中，與新農村建設同步發展。一是要進一步加強對農業農村檔案工作的領導，把農業農村檔案工作提到重要議事日程，做到在研究部署農業和農村工作的同時，強調切實做好農業農村檔案工作；二是在下達有關農業和農村工作的規劃、計畫和任務時，強調將工作中產生的檔案材料收集歸檔；三是在檢查新農村建設工作時，同步檢查新農村建設檔案材料的歸檔情況；四是要及時解決檔案工作中的實際問題，不斷加大投入，改善檔案工作條件，為檔案事業的發展提供良好的工作環境。
（三）健全機制，強化鄉鎮檔案工作職能。鄉鎮檔案工作是我國農村基層政權組織工作的重要內容，是農業農村檔案工作的重中之重。各鄉鎮要切實做好以下幾項工作：一是要把檔案工作列入本鄉鎮國民經濟和社會發展規劃，列入有關部門的工作目標，與其它工作同布置、同檢查；二是主要領導要經常過問、了解本鄉鎮檔案工作情況，分管領導要落實責任，積極協調理順關係，從人力、財力、物力上對檔案工作給予支持；三是要創造條件，為鄉鎮檔案室建設、村委會（社區）檔案室建設解決好經費、庫房、設施設備等各種實際問題；四是要保持專（兼）職檔案人員的相對穩定，保證他們有足夠的精力和時間，履行鄉鎮檔案的行政管理職能，做好對鄉鎮機關、基層站所、村委會（社區）檔案的監督和指導工作。五是要注意收集與農村經濟發展、農民切身利益、農村政權建設、小城鎮建設密切相關的檔案材料。以服務為宗旨，依託鄉鎮綜合檔案室積極開展檔案諮詢、利用等服務，為農民查閱利用檔案提供方便，為農業農村工作提供優質服務。