2、完善對兩委的管理制度
不斷完善村民自治法律制度，是妥善處理兩委關係的根本。一是完善有關村支兩委工作職能、程式等可操作性的工作運行機制，強化村黨支部的領導核心地位和村委會自治作用，使管理權和監督權分離，把村務管理權交給村委會，並按“村賬託管”的有關規定，把財務管理交給鄉“零戶統管中心”，政府只有監督權，而無支配權。而把召集村民大會、村民代表大會和組織村務公開的權力賦予村黨支部，讓村黨支部領導、監督。二是建立健全真正意義上的民主，在村委領導班子民主選舉上，實行海選，尊重民意，順應民心；在民主決策上，發揮村黨支部、村委會和村民會議各自的作用，保證決策民主科學，對事關村級經濟社會發展涉及民眾利益的重大事項，應在廣泛徵求黨員或村民意見的基礎上，由村黨支部或村委會依照職權提出決策意見，並經黨支部書記主持的村支兩委聯席會議或有組織負責人參加的擴大會議討論形成決策草案，最後提交村民大會或村民代表會議討論表決通過，付諸實施；在民主管理上，依法制定符合本村實際的村民自治章程、村規民約，落實好村務公開制度，真正做到公開透明；在民主監督上，要健全村級組織任期目標責任制度、村委會向村民會議報告工作制度、黨員會議和村民會議定期評議村支兩委及其成員制度等，落實黨員、村民對村支兩委的監督，要健全村委會向黨支部報告工作制度、村黨支部對村幹部教育管理和監督制度，落實黨支部的監督作用。
2、加強和改善黨的領導
以創新的精神不斷改善黨的領導，是妥善處理兩委關係的關鍵。一是要轉變觀念，創新領導方式，依法支持和保障村民自治活動和村委會各項職能落到實處。村黨支部要徹底轉變大包大攬的領導觀念和領導方式。村黨支部要支持村委會行使對村民的管理、教育、服務方面的自治職能，保證村民的民主選舉、決策、管理、監督等權利，做到領導不包攬，指導不指責。二是要創新農村黨支部班子選拔任用機制，村黨支部領導班子選舉過程中，除按照《黨章》規定的要求外，可同樣實施海選，嘗試黨內外民主有機結合方法，既體現了黨章的選舉要求，又有利於村黨支部拓寬選人用人渠道，提高村黨支部的民眾公認度。在有利於村民自治的前提下，交叉任職，避免一些矛盾，降低村務治理成本，也不失為解決兩委關係問題的方法之一，關鍵要建立完善的權力使用監督機制，避免“管事”現象的發展。
3、努力提高幹部隊伍素質
不斷提高村幹部素質，是妥善處理兩委關係的基礎。正確處理村黨支部和村委會的關係，必須以提高村支兩委特別是村黨支部書記和村委會主任的思想政治素質和領導水平為根本，從解決存在的突出問題入手，抓好“四級教育”（鄉、村、組幹部、民眾教育）培訓工作。培訓內容，應著眼於樹立民主意識、法律意識、大局意識、開拓創新意識和勤正廉政意識，建立學習教育活動的長期機制，要將學習教育經常化、制度化。培訓形式，要堅持自學為主，採用有重點，有針對性的個別談話和集中學習教育相結合，對鬧不團結的村兩委主幹由有關領導針對性地進行個別教育談話，促進問題的儘快解決；要採取黨內教育和黨外教育相結合，既加大黨內教育培訓的力度，又要對非黨村主任加強教育管理，幫助轉變認識，提高素質。培訓對象，既要抓好在職幹部的教育提高，也要抓好後備幹部的培養引導工作，教育他們樹立正確的人生觀、價值觀，提高在新形勢下帶領民眾致富的本領。