(四)部門協調工作相對滯後
工商管理部門以及相關部門相應工作滯後，也是影響稅收管理員制度順利執行的一個重要原因。在農村牧區，工商管理部門隨著機構改革的開展，也相應進行了機構精減，管轄面積與稅務部門的基本相同，在一些日常工作開展中存在著時限偏差問題，比如營業執照的發放往往要超過國稅部門規定的時限，使稅收管理員在日常工作中很容易出現漏征漏管戶現象，也使稅務登記違章處罰率很高。
二、當前加強農村稅收管理員工作的對策
(一)加強納稅輔導，加大稅法宣傳力度
要使納稅人依法誠信納稅，稅務機關必須依法徵稅，嚴格、公正、文明執法。一是要增強法律意識。稅收管理員要深入學習和掌握通用法律法規及各項稅法，認真貫徹國務院全面推進依法行政實施綱要，不斷增強依法治稅、規範行政的意識，提高聚財為國、執法為民的自覺性。二是要規範稅收執法。嚴格按照法定許可權與程式執行好各項稅收法律法規和政策，切實維護稅法的權威性和嚴肅性。認真貫徹依法徵稅，應收盡收，堅決不收過頭稅，堅決防止和制止越權減免稅的組織收入原則。
(二)明確稅收管理員職能定位
稅收管理員不僅僅是稅源管理員，也是稅法宣傳員、納稅輔導員。依託辦稅服務廳，稅收管理員面向廣大納稅人提供的是一般性、共性化的服務，而稅收管理員在日常的工作中，不要忽略了對企業提供個性化的、具有針對性和時效性的納稅服務。
(三)提高稅收管理員的素質
一是在創造培訓外部條件的同時，進一步增強每一位稅乾提高自身素質的迫切感和危機感，這就需要我們不斷摸索新的競爭激勵機制和培訓方法，只有雙管齊下，才能達到事半功倍的效果。二是按照企業管理、個體管理、集貿市場、農村牧區、納稅評估等業務類型進行崗位細化分類，儘可能地明確不同崗位上的稅收管理員的崗位技能標準。有了標準，才能對照檢查找出差距，自己有了奮鬥目標，培訓才能實現針對性。三是加強教育培訓力度，尤其是強化稅收政策法規、徵收管理、財務會計、稽查審計、信息化套用等知識和技能的學習。
(四)進一步落實稅收管理員執法責任制
各地建立的稅收管理員制度，主要規定了稅收管理員應該做什麼。針對不同的管理對象，下一步需要規定的是，稅收管理員不作為，企業出了哪些問題稅收管理員要負責任、負多大的責任。這個制度要儘快建立起來，以增強其責任心。還應規定稅收管理員除不能有到納稅戶“吃、拿、卡、要、報”等腐敗行為以外，在日常管理中還不能夠做什麼，防止出現職權越位的現象。對稅收管理員分管的業戶或具體事項，發現工作質量、服務態度、廉政建設等方面的問題，嚴格進行責任追究。
(五)建立建全與工商，地稅等部門的工作聯繫制度
實踐證明，調動社會因素，合理利用納稅人的競爭心理，與政府各職能部門和納稅信譽等級評定中信譽較高的納稅人形成有效的協稅、護稅網路是監控稅源的有效手段。與各蘇木、嘎查(村)的財政所、派出所、工商所、地稅所、經管站、村委會等部門聯合起來形成有效的稅源監控網路，讓其盡力發揮各自的經濟管理優勢，並將具備條件的地區信息輸入微機管理，做到滑鼠輕輕一點稅源一目了然;對個別地區不具備信息管理條件的納稅人的相關信息，也要做到監控不斷、管理不亂、登記在案、查找方便。這樣，既避免了稅務機關一家唱“獨角戲”而耗費巨額稅收成本，以及疏於管理導致的稅收流失，又充分調動了社會各界和各職能部門的稅收法律參與熱情，還為更廣泛和深入地在全社會逐步形成全民納稅意識打下了堅實基礎。