2、現存農副產品市場中臨時市場比重過大。
現存的農副產品市場中臨時市場多，永久性市場少，給農副產品供應帶來很大的隱患。馬路市場撤銷後，應該安排進入室內市場經營，但有些地區無法建設室內市場，就臨時利用一些未開工的建築工地、暫時閒置的廠房、場地開辦市場。這些臨時市場雖然解了燃眉之急，但絕非長遠之計。一旦工地開工或廠房、場地進行其它用途開發，農副產品市場就會隨之消亡。目前全市共有未列入規劃的非永久性市場近300個，將近農副產品市場總數的50%。隨著城市建設、舊城改造進程的加快和企業改革的深化，這些市場勢必要為首都經濟的整體發展讓路。那時有近50%的農副產品市場無處可去，將給首都的農副產品供應帶來巨大的缺口，甚至造成新的一輪"買菜難"問題。
3、居民小區內農副產品市場規劃沒有得到很好的落實。
按照《"xx"期間加強集貿市場規劃建設的工作意見》的規定，凡開發建設新的居住區和危舊房改造區的，必須將集貿市場納入商業網點進行配套規劃和建設……按照每萬戶居民擁有集貿市場建築面積不少於3000平方米，每個集貿市場面積不低於1000平方米的標準，由區縣政府進行安排，並納入控制性詳細規劃。但該項工作的執行情況很不理想。例如豐臺區：全區已建成居民小區32個，在建未完工的21個，居民小區內居住總人口約30萬左右。32個小區內只有市場12個，其中主營農副產品市場的4個，農副產品綜合市場的3個，消費品綜合市場的5個。列入規劃的2個：芳星園綜合市場和長辛店鑫興農貿市場，其它市場均屬臨時建築或早市。隨著北京市的城市發展和舊城改造，居民小區將成為市民居住的主要場所，小區農副產品供應問題必然會引起老百姓的吃菜難問題。
4、農副產品市場缺少統一規劃、合理布局。
早在1993年市政府就提出過"一大、八中、百小"的市場規劃構想，但由於種種原因，該規劃並沒有完全落實。近年來政府部門退出市場建設，由企業來承辦市場。由於政府缺少具體的市場規劃，對市場建設的巨觀調控減弱，造成了市場布局的不合理。如宣武區出現了"市場熱"的現象，各單位爭先投資建市場，僅牛街地區1平方公里內就開辦了7家市場。石景山區蘋果園路1平方公里內也有6個市場。這樣集中的農副產品市場群，在購買力有限的地區勢必會引發市場間的過渡競爭，影響市場成市，最終將會影響周邊民眾正常的農副產品購買。與之相反，在某些地價較高、房地產開發較多的地區，由於農副產品市場利潤相對比高科技企業、電子市場低，資金不願投向農副產品市場。如海淀區整箇中關村地區只有3個小型的集貿市場，而紫竹院和甘家口兩個辦事處內竟沒有一個農副產品市場。居民被迫到很遠的地方或超市購買蔬菜，居民尤其是老年人和低收入人群意見很大。
（二）農副產品市場管理中仍然存在很多問題，給農副產品的供應、市民的安全消費、城市環境造成影響。
1、上市商品質量和渠道無法保證，欺詐消費者情況時有發生。
目前市民對市場反映最強烈的是假冒偽劣商品問題。調查顯示37.6%的被調查者認為假冒偽劣商品是當前市場中最大的問題，占被調查者的第一位。市場上眾多的農副產品中熟肉製品、豆製品和鮮肉的質量堪憂。這除了產品自身特點外，管理不到位也是重要的原因。市場上銷售的熟肉製品和豆製品大部分不能提供合法的進貨憑證。有的經營者聲稱是自產自銷，其實是在家中沒有任何經過許可的情況下，非法生產後到市場來銷售的。調查中發現一般正規的生產廠家，經營比較規範，在出貨時都是開具銷貨憑證的。沒有進貨憑證的大部分是在地下非法加工廠加工製作的。這樣的食品在質量和衛生上沒有任何保障，很容易給人身健康帶來危害。今年夏天延慶中心市場就發生了銷售熟食亞硝酸鹽超標緻人中毒的事件。鮮肉市場中注水肉現象十分嚴重，民眾意見很大，注水後的劣質豬肉比未注水的價格便宜30-40%，給正常的市場秩序造成很大的危害。