1、基層一些領導幹部對抓好流動人口計畫生育工作的重要性和緊迫性認識不足。對抓好流動人口計畫生育工作被動應付，導致計畫外生育時有發生。當前我市流動人口占到全市人口總量的近三分之一，這部分人口中，60%以上屬於生育旺盛期的育齡人群，抽樣調查數據表明全市政策外出生70%以上為流動人口所為。南六縣貧困山區大量人口外出務工、經商，形成了龐大的流動人群。這些人居無定所，流無定向，構成複雜，底子難摸清，孕情難掌握，措施難落實，處理難到位，流動人口計畫生育管理服務問題解決的難度很大。
2、相關職能部門配合協調不夠，綜合治理的工作格局尚未真正形成。由於流動人口構成複雜，隨意性大，隱蔽性強，其計畫生育管理與服務需要諸多相關職能部門的有機配合和協調。國家和省《流動人口計畫生育工作管理辦法》雖然明確了公安、工商、民政、勞動、教育、衛生、城建等部門在流動人口計畫生育中的職責，但在實施操作過程中相互協調協作不夠一致。各縣區儘管與相關部門都簽訂了流動人口計畫生育管理責任書，但缺乏有效的行政監督和制約機制，因而在實際工作中，決策難，協調難，落實難，扯皮推諉現象較多，難以形成聯合執法、綜合治理流動人口的工作局面。
3、流動人口計畫生育管理經費實際投入不足，不能保障工作的正常開展。《陝西省計畫生育條例》明確規定，各級人民政府應當保障流動人口計畫生育所必須的經費。為了進一步加強流動人口計畫生育管理工作，國家財政部在財政預算科目中已經增設了“流動人口計畫生育管理經費”科目，正式列入財政預算，用於流動人口計畫生育工作。市委常委會研究決定，財政部門要按全市人均計畫生育事業費10%預算流動人口計畫生育工作專項經費。XX年8月，榆辦字64號檔案要求市財政部門將流動人口和出租房屋管理所需經費納入各級財政預算予以保證，要求市縣兩級財政部門要落實市委常委會決定事項，占本級計畫生育經費的10%比例予以保障，實行專款專戶。但從目前實際情況看，除子洲縣財政足額預算、足額撥付之外，其餘11縣區流動人口計畫生育工作經費未納入財政專項預算，有些地方有預算，不到戶，空投空轉。市、縣區流動人口計畫生育管理機構沒有專項工作經費，導致流動人口的計畫生育宣傳、管理，獎勵優惠政策的兌現，避孕藥具和節育技術服務等方面的工作難以開展。
4、城市社區計畫生育工作落後。隨著社會發展和城市化進程的加快，城市出現了大量的流動人口、下崗職工和失業人員，人員結構發生了很大的變化。社區作為城市的主要載體，承擔著越來越多的社會職能和計畫生育工作任務。近年來省上一直要求各地切實把流動人口計畫生育工作納入社區管理服務體系之中，我市社區計畫生育處於起步階段，工作相對滯後，原有的居委會無論從體制、職能、人員都不能適應新的形勢，在實際工作中存在較多問題。一是大部分社區居委會工作條件差，全市除神木、榆陽之外絕大多數社區依靠租賃房屋辦公，起碼的辦公設施不能配置；二是工作經費沒有來源且嚴重短缺，導致諸如進行流動人口清查登記等基礎性工作難以落實；三是社區居委會幹部待遇低，每月只有幾十元的報酬嚴重影響了工作的積極性，村組幹部不願乾，不想乾的現象普遍存在。