（二）地稅信息管理系統對接不配套，推廣工作受阻。主要表現在：一是目前正在使用的征管系統屬於省局自主研發的管理軟體，尚未開通網上申報，未能發揮財稅庫銀聯網的強大功能，致使納稅人申報成本並未減少，辦稅大廳申報期壓力也未減輕，網上申報徵收進度受限。二是電子扣稅目前只適用於正常企業每月的正常申報徵收入庫，而對有多種經營形式需要即時開具發票的納稅人卻不適用，導致電子扣稅與發票開具分離，部分納稅人仍要前往辦稅大廳開具繳款書完稅後才能換開所需發票。部分企業仍然習慣開票繳稅，大量稅款游離於電子扣稅體系之外。三是現存不少企業系家庭作坊式經營模式，是個體戶為方便生產經營註冊的公司，賬務不健全，會計水平較低，此類企業暫不具備聯網條件。四是征管系統中登記的納稅戶不少為“空殼公司”，並無實際經營內容，無法開展電子扣稅，導致納稅戶簽訂稅庫銀三方協定率偏低，影響基層工作積極性。五是區縣範圍內的金融、電信、保險等納稅戶均為報賬制單位，無獨立賬戶，企業繳納稅款只有一個統一賬戶，不符合簽訂三方協定要求。六是財稅庫銀聯網系統現有金融機構尚無法全部滿足推行需要，目前只有工行、建行、中行、農行、農信社、銀行、郵政儲蓄銀行等七家銀行可以辦理電子扣稅，而在農發行等其他金融機構開設賬戶的企業無法實施此項工作，財稅庫銀聯網工作推廣嚴重受阻。
（三）基礎數據採集錄入不夠準確，造成劃轉困難。稅務分局與企業及商業銀行簽訂三方協定時，如基礎數據信息採集不準確，填寫不規範，則直接導致錄入三方協定後銀行驗證不予通過，造成電子扣稅系統無法正常劃轉稅款。特別是個別稅務管理員工作不夠細緻，對企業的稅務登記、基本情況、稅種鑑定等基礎申報資料審核把關不嚴，資料的準確性和完整性得不到保證，使納稅人感受不到財稅庫銀聯網的高效、實用、方便、快捷，並對聯網工作產生反感情緒。
（四）與農村信用聯合社的驗證工作不夠通暢，協調工作仍需加強。從財稅庫銀橫向聯網工作測試到全面推廣套用的統計情況看，地稅系統所有在農村信用社聯合社開戶的納稅人簽訂的三方協定均因待銀行接口端逾時而未驗證通過。說明稅務機關與農村信用聯合社的協調溝通還不到位，加強部門協作仍是今後一項重要工作內容。
（五）電子扣稅網路系統運行不夠完善，對賬劃款運行不穩定。目前使用的電子扣稅系統由於運行時間不長，在網路連線上還不夠穩定，網路中斷或者網路擁塞時，稅款劃轉指令傳至銀行系統並通過電子繳庫已劃轉稅款，但不能及時將開票信息反饋至稅務機關征管資料庫，造成企業重複申報繳納。同時，網路不穩定也造成稅務機關不能每天下載國庫上傳的入庫資料，電子對賬工作無法正常進行。個別企業三方協定驗證均顯示為通過的正常狀態，但在申報期實際劃轉稅款時卻出現預算分配比例與國庫不一致，共享參數表中無此預算科目或輔助標誌錯誤、賬戶不存在、協定錯誤、協定不存在、賬戶名不符等等提示，給基層地稅部門正常徵收工作造成困難。
（六）各種代征規費尚不能使用財稅庫銀橫向聯網，系統功能需增強。目前地稅機關代征的規費種類繁多，專用票據形式不一，名目繁多的各類票據給繳費人申報帶來很多不便。部分納稅人或繳費人提出在徵收各類規費時使用電子扣稅系統也可為繳費人節省時間和節約成本。另外，地稅系統代開貨運發票的代征點較多，使用“公路貨物運輸代開票系統”並結合稅款征繳系統代扣代收稅款，但原有稅款徵收系統和《地方稅務信息管理系統》連線埠沒有對接，數據的取得和錄入全部依靠金庫反饋的繳款書逐筆進行二次手工開具並做人工銷號處理，計財部門工作量繁重。財稅庫銀橫行聯網沒有切實發揮作用，系統功能需要進一步增強和完善。