1.重視程度和認識有待進一步提高
北京是著名的文化古都和歷史文化名城，城市的規劃和建設，都必須從保護古都風貌出發，海淀區是著名的文化區，在北京的古都風貌中占有突出的地位，其文物保護工作，更應該服從於保護古都風貌這一大局。文物工作是一項政策性強，涉及面廣，矛盾突出的工作。只有領導的高度重視，為文物工作排憂解難，文物工作才能得到更好地發展。我區的文物保護工作所取得的巨大成績，充分體現了區委、區政府對文物保護工作的高度重視，但在某些單位和部門仍存在著重經濟建設，輕文物保護的思想，只重眼前利益、局部利益，不顧長遠利益、社會效益，致使在某些工程建設中出現文物為工程讓路的痛心事件，如1997年白頤路拓寬工程中拆除白石橋就是一例。文物是不可再生資源，是珍貴的民族文化遺產，不僅起著教化育人的作用，還能為經濟建設服務，拆一處就少一處，損失是無法彌補的。
2.文物保護資金匱乏
文物保護資金匱乏，一直是困擾文物工作，限制我區文物事業發展的一大難題。沒有足夠的物質保障，文物保護工作的許多具體措施就無法落實。在計畫經濟體制下，文物保護管理是國家包攬的，文物保護資金的來源渠道當然也是單一的，儘管目前文物建築的修繕工作已本著“誰使用，誰維修，誰受益”的原則，各級文物保護單位的管理使用單位也在努力自籌資金修繕，但國家仍然是文物修繕的投資主體，這是文物事業的公益性要求的，也是文物作為全民族共同的文化遺產的基本屬性決定的。調查中我們了解到，能夠自籌資金進行文物修繕的單位，大多是開發較早、效益較好的文物旅遊單位，如頤和園、圓明園、香山公園等。即便如此，各單位因情況不一樣，仍普遍存在程度不同的維修資金不足問題。當然，在市場經濟的條件下，也出現了一些引資修繕開放的形式，如八一中學同大業國際租賃有限公司合作修繕了樂家花園，這無疑是一個很好的方式，但對於整個文物事業來說，目前顯然還是杯水車薪。而且由於文物的特殊性，很多年久失修的文物實際上處於無人管理狀態，自然損壞的情況相當嚴重，如晏公祠、景泰陵等，已經迫切需要進行搶救性修繕，所以，通過市、區財政撥款，由國家出資搶救和保護文物資源，仍將是最主要的方式。由於缺乏資金，我區豐富的地下出土文物也一直被束之高閣，得不到充分利用，6000多件文物保存在只有10多平方米的庫房裡，連整理研究的條件都不具備，更不用說陳列展覽了。
3.城市建設、危舊房改造同文物保護之間矛盾突出
城市要發展，道路要拓寬，居民的居住環境要改善，這是社會發展的必然要求。由於很多文物古蹟位於老城區或者開發區，勢必與工程建設產生矛盾，即使文物古蹟本身得到保留，但因其周圍不斷出現新建高樓，環境風貌往往會遭到很大程度的破壞。不少文物點除了其本身的歷史、藝術價值外，已無整體景觀價值可言，造成都市中文物建築的“盆景化”，如大慧寺、白塔庵塔、西頂、承澤園、李蓮英宅院等。至於在文物保護單位的建設控制地帶內的違法建設，更是屢見不鮮。
工程建設也帶來了地下出土文物的流失。從80年代末期，我區地下出土古墓葬的數量和出土文物的數量都呈逐年減少之勢，這一方面因為缺少健全的制度，文物部門渠道不暢，信息不靈，不掌握建設工程的分布情況，開工時間，在工程建設前不能進行全面的考古勘探，造成地下文物保護的被動局面。另一方面因為很多工程建設單位文物保護意識淡漠，視文物保護為擋路石，發現古墓隱瞞不報，造成很多古墓葬被破壞，甚至出現哄搶、私分出土文物的情況。
4.文物單位隸屬關係複雜，開發利用難度很大
由於歷史原因，大多數文物單位並非文物部門使用，根據調查，在我區80項文物保護單位中，按產權單位劃分，屬於各級政府行政機關的有28項，屬於各類事業單位的有30項，屬於企業的有7項，屬於軍產的有8項，沒有管理使用單位的有7項。其中屬於區文物管理部門的只有大慧寺1處。由於管理使用單位紛繁複雜，因而整體開發利用難度極大。如著名的皇家園林“三山五園”，在學術研究上、宣傳上、地域分布上都具有很強的整體性和關聯性，但僅圓明園屬區屬單位，頤和園和靜宜園(香山公園)屬市園林局，靜明園屬中央國家機關、暢春園(僅存恩佑寺、恩慕寺山門)屬北京大學。所以，整體開發的條件尚不具備，難以形成統一規劃和規模效應，因而難以最大限度發揮其資源優勢。再如上莊翠湖水鄉的旅遊開發，當地真正具有歷史文化含量的東嶽廟和龍王聖母宮屬北京軍區261醫院管理使用，因而也難以納入其旅遊開發的整體規劃，造成了開發利用的難度。