政府網站是政府運用信息化手段面向社會提供管理和服務的視窗。建立政府網站，推動電子政務建設，是推動政府機關轉變作風的一項重要舉措。經過幾年的探索、實踐，我國政府網站建設取得的成就是有目共睹的，但與先進國家政府網站建設的水平相比，與建設透明、高效、務實、廉潔政府的目標相比，與民眾日益增長的對政府網站的服務需求相比，仍然存在很大的差距。
一、發展不平衡現象突出
1.橫向比較
東南沿海經濟較為發達地區，政府入口網站所占比例大，而中西部地區相對落後。在各種不同機構所進行的政府入口網站綜合績效排名中，前十位多分布在東部地區。特別是華東地區的江蘇、浙江和山東，以及華南地區的廣東省，是我國政府網站整體水平最高的四個省份，集中了全國85%以上的領先網站。尚未開通政府入口網站的三個省級行政區全部在西部地區(西藏、寧夏、青海)。
2.縱向比較
行政級別較高的政府及其部門(如中央、省級)入口網站建設比較完善，而行政級別較低的政府及其部門(如地級、縣級)相對落後。不僅在網站普及率上有差別，在內容豐富度、服務深度與廣度等方面的差距更為明顯。
3.從發展的角度比較
政府網站建設水平與經濟發展水平、整體信息化水平等息息相關，不均衡發展將會長期存在。但從建設高效、透明政府和推進和諧社會建設的角度看，過大的差距將進一步拉大業已存在的“數字鴻溝”。東、中、西部整體上的建設水平差距可能需要國家在政策上給予一定的傾斜支持。而相同經濟水平地區在政府網站建設上的差距過大，更多地反映的是領導意識和重視程度的差別，需要加強督導。同時，做好對先進網站建設經驗的總結和推廣，對引導、帶動落後網站的改進與提高也非常重要。
二、網站建設不規範，查詢、使用不方便
由於各部門、各級地方政府的網站建設幾乎都是在摸索中進行的，沒有較為統一的標準模式作為參考，目前各政府網站建設存在的不規範問題已嚴重影響到了公眾的使用效果。政府網站建設的不規範至少表現在以下幾個方面：
1、政府入口網站的站名、域名不規範
從網站名稱上看，在31個省份中，使用“中國+行政區簡稱”的有13個，使用“xxx人民政府”的有九個，使用“xxx政府公眾信息網”的有三個。從網站域名看，使用行政區劃簡稱全拼的有14個，使用拼音縮寫的有十個，還有一些純屬不規範用法。這些不規範給用戶查找政府網站帶來了極大的不便。
2、頁面、欄目、內容設計五花八門
即使兩個政府網站上都有某類信息或服務，用戶在一個政府網站上可以習慣地查詢使用，但到了另一個網站上就需要重新學習還不一定能找到。在搜尋軟體、信息格式等方面存在的不規範也很突出。在政府網站建設初期，大家都在探索，不規範是不可避免的，也可能是必要的，但到了一定階段後，成熟、公認的模式逐步顯現後，就應該加強引導走向規範了。目前來看，政府網站建設的標準化、規範化條件已趨成熟，應該提到議事日程了。
三、信息公開不充分，保障措施不到位
政務公開是目前政府網站功能實現最好的一個，但除個別網站外，大部分網站還存在信息公開不充分的問題。從公開信息的層次看，基本政務信息如新聞動態、政策法規和政府公文等大部分都能做到及時、全部公開;深度政務信息如辦事指南、統計數據和各部門業務動態等表現一般;關鍵性政務信息如人事任免、幹部選拔、財政公開、採購公開和項目投資等信息，幾乎所有網站都存在很大差距。由此可以看出，我國各級政府網站政務信息公開的全面性亟待提高，尤其應當加大對深度和關鍵性政務信息的公開力度。