3、合作社內部運行機制不健全
目前，在農民專業合作社發展中，普遍存在內部運行機制不健全的問題，主要表現在內部機構不健全、決策不民主、分配不合法等方面，最突出的問題是利益關係不順，核心是合作社能否給成員帶來增值利潤，這是合作經濟的實質。實際上，國家出台的《農民專業合作社法》和農業部出台的《農民專業合作社示範章程》，對農民專業合作社的內部運行機制規定得既有原則又具體，具有很強的操作性，但由於我們的領辦者和指導者一般只有企業、事業、社團和其他社會組織的管理經驗，往往憑藉經驗管理和指導合作社，恰恰農民專業合作社有其特殊性質，不同於其他任何組織。只要合作社領辦者和指導者都能認真學習深入貫徹有關農民專業合作社的法律法規，弄清了合作經濟的實質和作用，就是使合作者都能享受通過合作帶來的增值利潤，農民加入合作社的目的，也就是為了得到生產、加工、流通領域增值利潤的好處。就不難理順農民專業合作社的內部運行機制。
在實踐中，農民專業合作社的利益關係不順主要表現在以下四個方面：一是龍頭企業運作型。有些合作社，在為成員服務時，往往局限於優惠供應生產資料和保護價收購社員農產品，這種服務對農戶成員確實有好處，但他只是一種盈利性服務的市場買賣行為，而合作社行為應該是在此基礎上，讓成員分享生產資料和購銷產品帶來的增值利潤。二是行業協會運作型。有些合作社，將生產資料供應商、農產品加工企業和生產者社員聯合起來，既為生產者社員優惠供應生產資料，又以保護價收購生產者社員的產品，既為加工者社員帶來穩定的貨源，又為生產資料供應商帶來薄利多銷和穩定的銷售渠道。這種運行機制看起來大家都能利用合作社這個平台得到好處，互利共贏，其實，還是“企業+農戶”的翻版，核心問題是，往往生產資料和加工銷售環節的增值利潤沒有分給生產者社員，只是生產資料供應商和加工銷售企業聯合起來的一種行銷策略，還可以減免稅收，或爭取政府資金扶持。三是核心成員運作型。有的合作社是以幾個能人大戶聯合發起，作為核心成員，在工商部門登記註冊，當地一些小型生產者農戶參加，作為“一般成員”，不在工商登記。“核心成員”完全按股份分紅，“一般成員”則以購銷契約結算。當然“一般成員”還是享受了進入市場、改進價格和技術服務的好處。
總之，農民專業合作社成員的利益聯結機制至關重要，在運行中應當依法規範，合作社在彌補虧損、提取公積金後的當年盈餘，應主要按成員與本社的交易量（額）比例返還給成員，返還總額不得低於可分配盈餘的×%。
二、促進農民專業合作社又好又快發展的幾點建議
（一）加大合作社知識的宣傳培訓力度
要讓合作社知識深入人心，成為推動合作社發展的動力，就必須開展多種形式的宣傳培訓。一是各級黨委政府利用各級行政組織資源，通過會議形式宣傳貫徹有關法律法規和政策。二是有關職能部門結合業務工作，通過舉辦培訓班，利用電視、報刊、網路等形式宣傳合作知識。三是通過各級黨校、高等農業院校、中等職業學校及相關涉農培訓機構開設合作社專業課程。四是通過典型示範宣傳合作知識和管理人員。五是通過合作社向成員以及農村青少年宣傳合作知識。