（二）司法鑑定事業的發展尚不均衡。主要表現在機構設定和布局上缺少系統考慮。在我市現有的19家機構中，三大類機構只有4家，辦理業務占到了70%。三大類外機構15家，其中司法會計類就有6家，業務量只占10%，而且只有少數幾個機構業務相對多一點，大約有60%的機構沒有業務。此外，司法鑑定機構自身建設上存在的問題也直接影響到行業的發展，一是為追求經濟利益，超範圍受理司法鑑定事項，組織無司法鑑定資質的人員進行鑑定，不按規定標準收費，二是重委託機關、輕管理機關，對委託單位的要求是相當關注的，而對於司法行政機關的監督、檢查和日常規範化管理有消極牴觸情緒，對部署的工作要求並不熱心，主動接受管理的意識不強，三是重眼前利益，不做長遠考慮。許多鑑定機構的成立動機不正確，有些所是拼湊挪借司法鑑定人員取得司法鑑定機構資質，目的只為了增加原有行業資質的含金量，或是與其他有資質的機構進行業務範圍的攀比，對於真正開展規範的司法鑑定業務並沒有認真考慮。
（三）司法鑑定機構外部執業環境不容樂觀。一是司法鑑定的管理與使用之間存在脫節問題，司法鑑定的委託、取證、質證和採信制度之間缺乏必要的銜接。各訴訟參與機關之間協調配合不夠，尤其是審判機關和司法行政部門之間缺乏必要的信息反饋和工作協調機制。審判機關掌握司法鑑定機構的具體執業情況，如接受委託的數量、鑑定結論的採信率、出庭質證情況等，也比較了解司法鑑定機構在執業過程中存在的各種問題。但它不是司法鑑定的行政管理機關，不能對司法鑑定機構進行監督管理甚至行政處罰。而司法行政部門作為主管行政機關，對司法鑑定機構和司法鑑定人的具體執業活動了解不夠，產生監督的空白點。另外，司法鑑定人出庭質證在經濟補償和人身安全方面還缺乏制度保障。二是"三大類"以外的司法鑑定管理沒有跟上。根據國務院1998年給法務部的"三定方案"，以及各地司法行政部門的"三定方案"，司法行政部門履行"指導面向社會服務的司法鑑定工作"的職能。當時，司法鑑定機構的執業範圍遠遠超出了"三大類"，比較多得涉及司法會計、資產評估、工程造價、產品質量、智慧財產權等範疇。《決定》出台後，有關規定不夠明確，"一部兩院"的協商機制一時難見成效，對這些機構和人員的管理基本處於停滯狀態，迫切需要研究解決。三是缺乏稅務、勞動保障、技術監督等部門的支持。目前，有關司法鑑定機構的稅率確定、組織代碼證領取、司法鑑定人員的落戶、社會保障等問題，仍然不夠明確，還缺乏相應的制度和政策支持，不利於司法鑑定事業的發展。
三、問題產生的原因分析
（一）主觀原因是認識上不統一。由於利益和立場的不同，以及《決定》部分內容表述模糊，相關司法解釋滯後，導致各相關部門對《決定》做出了不同的解讀，出現了認識上的混亂。比如說，偵查機關保留的鑑定機構和鑑定人，屬不屬於《決定》所說的"鑑定機構"和"鑑定人"？司法行政部門統一管理的對象，僅僅是指社會鑑定機構和鑑定人，還是包括了偵查機關的鑑定機構和鑑定人？對不涉及訴訟的事項，偵查機關的鑑定機構能不能進行鑑定，能不能收取費用？如果進行鑑定符不符合立法部門的原意？各部門的理解各不相同，學術領域的爭論沒有停止。在不同認識基礎上出台的工作規範和工作措施，往往也存在著矛盾和衝突。